Fst详解(具体计算步骤)

Fst,用于衡量种群分化程度,取值从0到1,为0则认为两个种群间是随机交配的,基因型完全相似;为1则表示是完全隔离的,完全不相似。它往往从基因的多样性来估计,比如SNP或者microsatellites(串联重复序列一种,长度小于等于10bp)。是一种以哈温平衡为前提的种群遗传学统计方法。

 

下面从一个例子来看如何计算Fst:

 

 

 AAAaaa
种群1125250125
种群2503020
种群3100500400

表格表示为三个种群中一个等位基因的存在情况。

 

第一步,计算种群大小:

种群1: 500

种群2: 100

种群3: 1000

 

第二步,计算等位基因的频率:

p1=(125*2+250)/1000=0.5

q1=1-p1=0.5

 

p2=(50*2+30)/200=0.65

q2=1-p2=0.35

 

p3=(100*2+500)/200=0.35

q3=1-p3=0.65

 

第三步,计算哈温平衡下预期基因型:

种群1: E(AA)=500*0.5*0.5=125(与实际相等)

E(Aa)=500*0.5*0.5*2=250(与实际相等)

E(aa)=500*0.5*0.5=125(与实际相等)

 

种群2: E(AA)=100*0.65*0.65=42.25(比实际小7.75)

E(Aa)=100*0.65*0.35*2=45.5(比实际多15.5)

E(aa)=100*0.35*0.35=12.25(比实际小7.75)

 

种群3: E(AA)=1000*0.35*0.35=122.5(比实际多22.5)

E(Aa)=1000*0.35*0.65*2=455(比实际小45)

E(aa)=1000*0.65*0.65=422.5(比实际多22.5)

 

种群1的 预期=实际,完美适合;

种群2的 预期比实际少15.5个纯合子,也可以理解为实际比预期多15.5个纯合子,可能是近交导致;

种群3的 预期比实际多45个纯合子,也可以理解为实际和预期相比有45个纯合子缺失,可能是远交或Wahlund效应导致。

 

第四步,计算每个亚群实际观察到的杂合度:

种群1: 250/500=0.5

种群2: 30/100=0.3

种群3: 500/1000=0.5

 

第五步,计算每个亚群预期的杂合度:

 

第六步,计算每个亚群的近交系数:

F1=(0.5-0.5)/0.5=0 不近交,不远交

F2=(0.455-0.3)/0.455=0.341 存在近交情况,实际杂合子比预期的少

F3=(0.455-0.5)/0.455=-0.099 存在远交情况,实际杂合子比预期的多

 

第七步,计算在整个种群中等位基因A的频率:

 

第八步,计算在整个种群中等位基因a的频率:

 

第九步,计算三种杂合性指数:

HI(实际杂合度)

 

HS(亚群预计杂合度--通过每个亚群预计杂合度(亚群等位基因频率)来计算)

 

HT(种群预计杂合度--通过种群中预计等位基因频率来计算)

 

第十步,计算:

 

 

 

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### 回答1: arlequin是一种用于分析群体遗传结构的计算机软件,可以计算群体之间的遗传差异和分化程度。在该软件中,Fst(fixation index)是用来评估群体间遗传分化的一种常用指标。 要进行arlequin中的Fst计算,首先需要准备好输入文件。输入文件包括包含个体的遗传数据的各个群体的数据文件以及一个配置文件。数据文件通常包含各个个体的基因型或单倍型信息。 在配置文件中,我们需要指定各个群体之间的比较,并设置一些参数,例如计算Fst的方法和使用的遗传模型。不同的计算方法和模型会导致不同的结果,所以要根据研究的需求选择适合的参数设置。 完成输入文件的准备后,我们可以打开arlequin软件并导入配置文件和数据文件。在软件的界面上,选择相应的菜单选项并根据导入的文件设置参数。 一旦参数设置完成,我们就可以开始计算Fst了。arlequin会根据我们的参数设置自动计算各个群体之间的Fst值,并生成相关的结果文件。通常计算结果会包括Fst值、标准误差和置信区间等信息。 得到计算结果后,我们可以对结果进行统计学分析和解释。例如,我们可以比较不同群体之间的Fst值,评估群体间的遗传差异。我们还可以根据Fst结果,推断群体之间的亲缘关系和迁移历史。 总结而言,arlequin是一种用于计算Fst的软件工具,可以帮助我们研究群体遗传结构和进化过程。通过准备输入文件、设置参数以及分析结果,我们可以利用arlequin来计算Fst并评估群体之间的遗传分化程度。 ### 回答2: Arlequin是一款用于遗传数据的统计分析软件,可以用于计算多个种群之间的遗传差异和种群结构。而Fst(多基因型位点间的遗传差异)是衡量种群遗传距离的一种常用指标。 以下是一个简化的Arlequin计算Fst的教程: 1. 安装和打开Arlequin软件。确保您已经下载并正确安装了Arlequin软件。 2. 输入数据。在Arlequin软件的界面上,选择“文件”→“导入”以打开您的遗传数据文件。确保您的数据文件包含了来自不同种群的个体的基因型数据。 3. 设定参数。选择“参数”→“块”以设定分析参数。参数设置可以根据您的具体研究目的和数据特点来调整。一般来说,选择适当的遗传距离和统计方法是非常重要的。 4. 运行分析。选择“操作”→“计算Fst”以开始计算。根据数据的复杂程度和计算机的性能,这个过程可能会花费一些时间。 5. 查看结果。计算完毕后,您可以在Arlequin软件的界面上查看结果。通常,Fst值越高,不同种群之间的遗传差异越大。 请注意,这只是一个简化的教程,真正的Arlequin计算Fst可能还涉及到更多的步骤和参数设置。建议在使用Arlequin软件进行实际分析之前,阅读Arlequin官方网站上的用户手册和教程,以便更好地了解软件的功能和操作方法。 ### 回答3: Arlequin是一个用于遗传群体分析的计算软件包,可以用来计算和处理基于核苷酸或微卫星遗传标记的遗传结构。 在Arlequin中计算Fst涉及以下步骤: 1. 数据准备:首先需要准备好输入数据文件,包括基于核苷酸或微卫星的遗传标记数据。这些数据应包括个体的基因型或等位基因频率信息,通常以文本格式存储。 2. 打开Arlequin:启动Arlequin软件,并选择适当的项目类型,例如核苷酸或微卫星数据。在新项目中导入准备好的输入数据文件。 3. 数据编辑:根据实验设计,可以选择编辑数据。例如,可以选择特定的种群组或个体子集进行分析。 4. 计算Fst:在数据编辑完成后,选择适当的遗传标记分析方法,然后进行Fst计算。Arlequin中的Fst计算通常基于AMOVA(Analysis of Molecular Variance)方法。 5. 结果解释:完成计算后,Arlequin将生成Fst值和相应的统计指标。这些结果可以用来描述不同种群之间的遗传差异。此外,Arlequin还提供了可视化工具,如生成分层聚类树和遗传图。 6. 结果导出:最后,你可以选择将计算结果导出为文本文件或图形文件,以进一步分析或表示。 需要特别注意的是,这只是Fst计算的基本步骤,在实际应用中可能还会涉及更多的数据处理和分析步骤。因此,建议用户参考Arlequin官方文档或相关教程,以获取更详细的指导和说明。
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