分割天花板nnUNet
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这个医学领域的分割巨无霸!在论文和比赛中随处可见他的身影。你还不学习吗
Tina姐
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三行命令搞定nnUNet v2训练及推理!
通过前面2小节的学习,我们配好了环境,准备了数据。现在开始你的训练之旅~~同 V1 一样,一行命令搞定你的数据预处理,训练和测试!!。原创 2023-09-03 20:35:53 · 3777 阅读 · 7 评论 -
nnUNet v2数据准备及格式转换 (二)
如果你曾经使用过nnUNet V1,那你一定明白数据集的命名是有严格要求的,必须按照特定的格式来进行命名才能正常使用。这一节的学习需要有数据,如果你有自己的数据,可以拿自己的数据来实验,如果没有,可以用十项全能数据集,在之前分享过,这篇文章里有数据集的下载地址和方法。如果网络问题下载不下来,可以微我。原创 2023-09-03 18:38:54 · 1984 阅读 · 0 评论 -
全网都在用的nnUNet V2版本改进了啥,怎么安装?(一)
nnUNet,这个医学领域的分割巨无霸!在论文和比赛中随处可见他的身影。大家对于nnUNet v1版本的教程都赞不绝口,因为它简单易懂、详细全面,让很多朋友都轻松掌握了使用方法。最近,我也抽出时间仔细研究了nnUNet v2,并全程走过一遍流程。我努力将使用教程变得更加通俗易懂,希望能提高大家的学习效率。如果你正在进行分割任务,或者还没有尝试过nnUNet v2,那么现在是时候跟着我一起学习啦!我们将一步步解析nnUNet v2的改进之处和操作步骤,用简洁明快的语言让你轻松理解。原创 2023-09-03 18:01:46 · 2117 阅读 · 2 评论 -
不用写代码神器!教你用4行命令轻松使用nnUNet训练自己的医学图像分割模型
给定某个数据集,nnU-Net完全自动执行整个分割过程,包括数据预处理到模型配置、模型训练、后处理到集成的整个过程,而不需要人为干预。此外,训练好的模型还可以应用到测试集中进行推理。博主强烈建议:做医学图像分割的任何人,都必须要会使用nnU-Net理由2个:首先用nnU-Net测试一下。看一下该任务的大致效果,心里有个大致预测。第二,写论文的时候通常都要和nnU-Net对比,尤其是投英文期刊(SCI)。因为它太火了,审稿人都知道这个东西的,不要抱侥幸心理。要么战胜它,要么使用它????。它的出现,原创 2021-06-01 09:05:29 · 14344 阅读 · 83 评论 -
nnUNet实战一使用预训练nnUNet模型进行推理
本次实战项目为使用预训练nnU-Net模型进行推理数据集: 医学分割十项全能的前列腺数据集(Prostate)1 安装nnU-Net确保已经安装nnU-Net。确保设置所有相关路径,具体操作见nnU-Net 如何安装–傻瓜式安装教程2 下载 Prostate dataset下载链接tips: 文件不是很大(< 250MB), 使用vpn应该可以下载下来。下载不下来,联系我,我发给你。3 数据集格式转换十项全能的数据都是 4D nii格式。这与nnU网络不兼容。将前列腺数据集转换为正原创 2021-05-27 12:13:29 · 11615 阅读 · 29 评论 -
nnU-Net 如何安装--傻瓜式安装教程
这是nnU-Net系列第二篇–安装教程上一篇:nnU-Net介绍篇nnU-Net只在Linux上测试(ubuntu16、18和20;centOS, RHEL)。它也可以在其他操作系统上工作,但我们不能保证它会工作。因此,最好安装在Linux上文章目录安装nnU-Net的硬件条件快速的创建 Ubuntu 虚拟环境1 安装venv模块2 创建虚拟环境存放目录3 创建虚拟环境4 激活该环境5 退出该环境安装nnunet设置环境变量如何设置环境变量设置路径的另一种方法注意安装nnU-Net的硬件条件nn原创 2021-05-25 09:00:54 · 7745 阅读 · 2 评论 -
论文解读- nnU-Net: Self-adapting Framework for U-Net-Based Medical Image Segmentation(附实现教程)
本篇主要解读论文 “nnU-Net: Self-adapting Framework for U-Net-Based Medical Image Segmentation” == nnU-Net:基于U-Net的自适应医学图像分割框架。实现见本专栏下其他博文。直达链接????(写了再附上)点击下载论文点击进入github code地址文章目录nnU-Net 是什么,有多厉害Abstract1 Introduction2 Methods2.1 Network architectures2.1.1原创 2021-05-14 17:51:51 · 11145 阅读 · 12 评论