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Tina姐
微信公众号【医学图像人工智能实战营】,医学图像处理领域,坚持已实践为主,手把手带你做项目,打比赛,写论文。
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python版:使用TotalSegmentator工具可在1分钟内自动分割全身117个器官,附批量技巧
用于对 CT 图像中超过 117 个类别进行分割的工具。它接受了各种不同 CT 图像(不同扫描仪、机构、协议等)的训练,因此应该适用于大多数图像。大部分训练数据集可以从Zenodo下载(1228 个主题)。您还可以在totalsegmentator.com上在线试用该工具。是在大型数据集上使用nnUNet V2训练的一个AI模型,可以在CT数据上自动分割全身117个器官(见文末)!同时还可以分割部分血管,脑出血,胸腔积液等(后面会介绍)。原创 2024-03-22 20:06:01 · 3824 阅读 · 6 评论 -
MedSAM in 3D Slicer: 分割一切医学图像
这是 MedSAM 的官方 3D Slicer 插件存储库,可用于在医学图像中分割任何物体。什么是MedSAM:点击查看这篇文章【添加文章】查看分割演示👇添加视频文中涉及到的视频前往VX查看到这里各位学会了吗😜这可能是目前唯一一个教程Tina姐没有实践就发出来的(在老家无法连接服务器)。没关系,我们提供了文字+视频版教程,相信聪明的你一定可以!文章持续更新,可以关注微公【医学图像人工智能实战营】获取最新动态,一个关注于医学图像处理领域前沿科技的公众号。坚持以实践为主,手把手带你做项目,打比赛,写论文。原创 2024-02-08 16:18:15 · 2150 阅读 · 4 评论 -
SCI 1区论文:Segment anything in medical images(MedSAM)[文献阅读]
医学图像分割是临床实践中的一个关键组成部分,有助于准确诊断、治疗计划和疾病监测。然而,现有的方法通常针对特定的模式或疾病类型,在各种医学图像分割任务中缺乏可推广性。在这里,我们介绍了MedSAM,这是一个基础模型,旨在通过实现通用医学图像分割来弥合这一差距。该模型是在大型医学图像数据集上开发的,有1570263对图像-掩码对,涵盖10种成像模式和30多种癌症类型。我们对86个内部验证任务和60个外部验证任务进行了全面评估,证明了比模态专家模型更好的准确性和稳健性。原创 2024-02-08 16:16:13 · 1673 阅读 · 0 评论 -
快准狠!在3D Slicer中,使用TotalSegmentator扩展可在1分钟内自动分割全身117个器官
本系列涵盖从 3D Slicer 医学图像查看器的基础使用到高级自动分割扩展程序的内容(从入门到高阶!),具体包括软件安装、基础使用教程,自动分割扩展(totalsegmentator, monai label)快速标注数据。:强烈建议做图像分割的宝宝们好好学习,跟着Tina姐涨姿势!如果对你有帮助,转发支持一下🖖这是该系列的第二篇,在这篇博文中,我们将从3D Slicer下载一些示例数据,并使用自动分割扩展从图像中分割目标。将重点介绍扩展。原创 2024-02-07 17:13:08 · 3463 阅读 · 7 评论 -
3D Slicer-最强大的开源医学图像分割工具简要概述
3D Slicer 是一个免费的开源软件平台,用于医学、生物医学和其他 3D 图像的可视化、处理、分割、配准和分析。读/写DICOM图像和多种其他格式;三维图像、多边形网格和体积渲染的交互式可视化;手动编辑和标记图像;使用刚性和非刚性算法融合和共同配准数据;图像自动分割;跟踪图像引导程序的设备。所有的功能模块可在工具栏里找到,提供搜索,下拉选择,左右切换等功能。3D slicer的大概情况就介绍到这里。它的功能非常强大,也没有必要说掌握每个功能的使用。原创 2024-02-07 17:07:06 · 7573 阅读 · 0 评论 -
【论文阅读】MONAI Label:人工智能辅助的 3D 医学图像交互式标注框架
缺乏带注释的数据集是训练监督AI算法的主要挑战,因为手动注释既昂贵又耗时。为了解决这个问题,我们提出了,这是一个免费的开源平台,有助于开发基于AI的应用程序,旨在减少注释3D医学图像数据集所需的时间。通过MONAILabel,研究人员可以开发专注于其专业领域的注释应用程序。它允许研究人员轻松地将他们的应用程序部署为服务,临床医生可以通过他们首选的用户界面使用这些服务。目前,MONAILabel很容易支持本地安装(3DSlicer)和基于Web(OHIF)的前端,并提供两种主动学习。...原创 2022-07-20 18:49:58 · 2646 阅读 · 2 评论 -
MONAI Label -- 使用 AI 加速你的分割标注
MONAILabel是一个服务器-客户端(server-client)系统,通过使用AI促进交互式医学图像标注。它是一个开源且易于安装的生态系统,可以在具有单个或多个GPU的机器上本地运行。服务器和客户端可以设在同一台/不同的机器上工作。它与MONAI适配。大白话讲要使用MONAILabel进行医学数据标注,你需要有2个东西。...原创 2022-07-20 18:47:58 · 2781 阅读 · 0 评论 -
MONAI Label 安装流程及使用攻略
这部分为monailabel的安装实操,分为服务端安装和客户端安装。预祝大家顺利安装。如果遇到问题,可以在交流群里探讨。在开始前,可以把以下链接打开,原创 2022-07-20 18:42:22 · 3605 阅读 · 3 评论