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FSL 宝典
文章平均质量分 93
Tina姐
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使用FSL快速检查3D数据质量,一秒审查上百张!
当我们使用 CT/MRI 等三维数据进行深度学习时,数据检查工作是必须的。我们需要查看图像的质量(如伪影,分辨率),图像的模态(是不是想要的模态?),图像的尺寸,方向等等。通常的做法是使用 3D 图像查看工具(ITK snap, 3Dslicer 等),一个一个打开查看。当数据量变大(成千上万)的时候, 这个做法非常消耗时间和精力,这时又怎么办?这里推荐使用 FSL 的slicesdir方法。三维图像数据可以看成很多二维切片堆叠起来的,可以选择横冠矢三个方向中的一个方向进行切片显示。原创 2022-10-11 17:46:50 · 987 阅读 · 0 评论 -
MRI多序列,多中心数据集预处理--使用FSL-Flirt 配准数据
FLIRT(FMRIB 的线性图像配准工具)是用于线性(仿射)模态内和模态间脑图像配准的全自动稳健且准确的工具。什么是配准在这两张图片上,很容易看出它们没有对齐,左边相对右边倾斜,虽然我们人类视觉系统还是能把对应的解剖关系连系在一起,但是我们使用计算机分析时确不能够因此,我们希望相同的解剖结构对齐,用坐标表示的话,希望他们在相同的坐标上。如下图对齐这些解剖结构的过程就叫做配准(register)因此,配准的目的也是使相同的解剖结构在同一个位置,便于分析。可以将CT和MRI配准,看同一结构在两个原创 2022-05-21 16:18:36 · 9892 阅读 · 10 评论 -
使用FSL-FAST分割三种脑组织:白质,灰质,脑脊液
简单介绍 FSL-FASTFAST(FMRIB 的自动分割工具)将大脑的 3D 图像分割成不同的组织类型: 灰质(grey matter, GM)、白 质 (white matter, WM)、脑脊液(cerebrospinal fluid, CSF)等。 同时还校正空间强度变化(也称为偏置场或 RF 不均匀性, 不过随着现在技术的进步,不均性问题基本不存在了)底层方法基于隐马尔可夫随机场模型和相关的期望最大化算法。整个过程是完全自动化的,并且还可以产生偏置场校正的输入图像以及概率和/或部分体积组织分割原创 2022-05-12 09:34:00 · 6124 阅读 · 0 评论 -
MRI数据预处理--使用FSL-BET轻松去头骨,提取脑组织
许多脑成像分析工作流程中的第一个处理步骤是从颅骨内部提取脑组织。该过程叫 Brain extraction(大脑提取) or skullstripping(颅骨剥离)机器扫描的图像不仅包含大脑,还包含我们在研究大脑结构和功能时并不真正需要的其他组织(骨骼、皮肤、脂肪、空气)和解剖结构(颈部、上脊髓、眼睛、嘴巴)。因此,提取与大脑相关的组织,以便我们可以在未来的所有分析步骤中使用它。如用于后续的大脑疾病分类和分割等。本文中,使用FSL-bet工具提取脑组织要使用 FSL 执行大脑提取,您可以使用图形原创 2022-05-06 20:23:23 · 12952 阅读 · 6 评论 -
影像数据(CT & MRI)处理万能包使用指南--FSLutils宝典
文章目录之前介绍过 Fslutils 是一组有用的命令行实用程序,可对 Nifti 格式数据集进行查看,转换、处理等。注意:fsl 是没有 Fslutils 这个命令的。只是把实现各种功能的小命令统称为 Fslutils。...原创 2021-11-22 17:54:58 · 2646 阅读 · 0 评论 -
fsleyes -- 一款多功能影像数据查看器
FSLeyes 是 3D 和 4D 数据的查看器,可以接受多种类型数据的展示。接收类型如下:NIFTI image files (.nii, .nii.gz).MGH image files (.mgh, .mgz).GIFTI surface files (.surf.gii, .gii).Freesurfer surface files (lh.orig, lh.pial, lh.white, etc).FEAT analysis directories (.feat).MELODIC原创 2021-11-11 11:34:16 · 2357 阅读 · 3 评论 -
介绍一款 MRI&CT 图像预处理强大工具--FSL
FSL 是什么?全名是: FMRIB’s Software LibraryFMRIB 是 英国牛津大学脑功能磁共振成像中心,FSL 则是他们开发的一个软件库。由 Stephen Smith 教授开发,发布于 2000年适用于所有操作系统用于结构 MRI、功能 MRI(任务、静息)、扩散 MRI的分析MRI, CT数据的预处理和分析MRI, CT数据的查看具体地,可以分为以下4类功能1 结构 MRI配准: linear (FLIRT) & non-linear (FNIRT)原创 2021-11-08 18:04:01 · 5524 阅读 · 6 评论 -
FSL 安装教程
FSL 下载下载地址下载步骤同意 FSL licence勾选填写个人信息,信息随意填写,不用真实信息选择安装系统可以选择的安装系统很多,基本满足需求。点击注册注册后回跳转到下载界面。点击下载文件。此处下载的是一个 Python 文件(fslinstaller.py)安装 FSL点击查看 官网 macOS 安装说明打开终端切换到 fslinstaller.py 文件的路径我默认下载到 Downloadscd ~/Downloads运行下载的脚本原创 2021-11-08 18:39:31 · 11062 阅读 · 21 评论