Brainstorm + Fieldtrip IEEG定位及分区教程

本教程详细介绍了如何结合使用Brainstorm和Fieldtrip进行iEEG电极植入后的定位、配准以及在MNI空间的映射。首先,使用Fieldtrip进行MRI到acpc的配准,然后利用Brainstorm进行MRI与CT图像的融合、电极标记、电极触点分区等工作。教程中还涵盖了电极触点的MNI坐标和世界坐标(acpc)的导出,以及使用示例代码进行电极分区计算。此外,提供了Brainstorm的下载安装和使用指南,以及资源下载链接。

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本文是我进入实验室后,针对原本的配准工具fieldtrip在MNI空间映射上不准确的问题,改用的新工具Brainstorm的教程,但因为该工具基本没有可编程部分,因此依然保留了使用Fieldtrip进行前期acpc定位和批处理导出电极触点所在分区的功能,希望对有需要的同学有所帮助。实验室对于Fieldtrip的工作流程很熟悉,因此在这里没有详述,如果不了解的话请阅读

Integrated analysis of anatomical and electrophysiological human intracranial data | Nature Protocols

出于对病人隐私的考虑,原始MRI、CT图像无法在这里给出,请在其他.nii数据或这些软件给出的公共数据(不推荐,国外的IEEG电极与我们的不相同)进行尝试,在开始之前使用freesurfer进行分割重建

目录

一、前言

二、教程正文

        1. fieldtrip前期配准

        2. 创建工程:

        3. 解剖结构的导入及准备:

        4. 导入植入后CT图像:

        5. 标记植入电极

        6. 确定电极触点分区

三、示例代码

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