首先,我们需要明确什么是"Snakemake"。Snakemake是一个基于Python的工作流管理器,它可以自动化地处理计算任务。它依赖于一个简单的、明确的任务描述语言(称为"rules")来定义如何生成和获取所需的输出文件。
如果你的输出文件已经存在,但Snakemake仍然要运行作业,可能是因为以下原因:
1. 规则中指定的输出文件已经被更改了。例如,你可能在修改了一个规则,使其生产一个新的输出文件名。但是,Snakemake没有注意到这一点,所以它仍然尝试使用旧的输出文件名来检查是否存在。
2. 某些输入文件的名称或路径已经发生变化。如果你在修改规则时改变了某个输入文件的名称或路径,那么Snakemake就不再能找到这个文件,从而导致新的作业无法运行。
要解决这个问题,你可以采取以下步骤:
1. 检查你的规则中的输出文件名是否正确。确保它们与实际生成的文件的名称相匹配。
2. 如果有新的输入文件,检查它们的名称和路径是否已经正确地出现在规则中。
3. 如果你修改了规则,重新运行Snakemake。使用命令`snakemake --forceall`来强制重新运行所有任务。
4. 确保你使用的Snakemake版本是最新的。过时的版本可能不支持某些新功能或修复的问题。
以下是一个简单的代码示例,演示了如何检查规则中的输出文件是否已经存在:
```python
rule check_output:
input: "output.txt"
output: "output.txt"
shell:
"cat {input} > {output}"
rule generate_data:
output: "input.txt"
run:
with open("input.txt", "w") as f:
f.write("Hello, World!")
rule main:
subrules = [check_output, generate_data]
```
在这个例子中,我们有一个规则`generate_data`用于生成输入文件"input.txt"。然后,我们有另一个规则`check_output`用于检查这个输入文件是否已经存在。如果它已经存在,那么Snakemake就会跳过这个规则,因为 Snakemake会检查每个任务的输出文件是否存在,如果不存在,才会运行该任务。
要强制重新运行所有任务,可以使用命令`snakemake --forceall`。如果你只想重新运行特定的任务,可以使用命令`snakemake --forceonly rule1,rule2`。