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biomooc
这个作者很懒,什么都没留下…
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vst 算法R语言手工实现 | Seurat4 筛选高变基因的算法
vst算法的手工实现原创 2024-07-16 21:14:38 · 890 阅读 · 0 评论 -
数据格式转换 | 稀疏矩阵3列还原为原始矩阵/数据框,自定义函数 df3toMatrix()
矩阵格式转换原创 2024-06-25 10:45:27 · 230 阅读 · 0 评论 -
曲线拟合 | 二次B样条拟合曲线
曲线平滑化的方法,C1级平滑的B样条曲线。原创 2024-06-12 23:50:51 · 544 阅读 · 0 评论 -
CCA R语言实现
CCA 分析原创 2024-06-03 13:15:14 · 382 阅读 · 0 评论 -
边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法
【代码】边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法。原创 2024-06-02 21:25:28 · 455 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 安装ggpubr R包时编译语句中出现 WARNING: ignoring environment value of R_HOME 而报错
我认为R包原作者们是写错了,应该去掉R_HOME外的圆括号,还原它为一个普通变量名。原创 2024-06-02 20:49:10 · 637 阅读 · 0 评论 -
轮廓系数(Average silhouette) | 最佳聚类数的判定
在2有下降拐点,但是样本较多时分成2类一般意义不大。在7时也有下降拐点。原创 2024-05-22 21:33:28 · 540 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 画热图:geom_tile
👏🏻然后我这里使用了aplot包将上述三个元素拼到一起,形成了完整的热图。✅小方格可以用ggplot2中的geom_tile()函数来画。✅聚类树可以用ggtree()函数来画。✅分组条形图也是一样。原创 2024-05-22 11:21:39 · 312 阅读 · 0 评论 -
生信分析最好的系统架构:个人观点
容器化也是生信的未来,至少减少了装包的时间消耗。原创 2024-05-03 16:11:43 · 311 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 上下双向柱状图
【代码】R语言 | 上下双向柱状图。原创 2024-03-27 15:43:25 · 910 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 复数 相关函数
请问倒数第二行Re的作用是什么。原创 2024-03-08 21:48:47 · 631 阅读 · 0 评论 -
R绘图 | 单列数据的分布图,对A变量分bin求B变量的平均值
数据分布的刻画:密度曲线原创 2024-02-26 21:29:39 · 285 阅读 · 0 评论 -
Seurat 5 demo
CentOS7.9 安装 Seurat 5原创 2024-02-17 17:56:03 · 301 阅读 · 0 评论 -
单细胞 | 可视化基因表达水平 云雨图:gghalves 包 左边散点,右边小提琴图
云雨图,半边散点,半边小提琴图原创 2024-01-02 10:35:38 · 494 阅读 · 0 评论 -
DotPlot | 重绘点图,指定cell type的颜色
左边是默认,右边是自定义颜色后。原创 2024-01-01 16:53:47 · 757 阅读 · 0 评论 -
单细胞 拟时序分析 | diffusionMap
DiffusionMap (扩散映射)是一款R软件,通过高斯模型和马尔科夫模型,把单细胞(scRNA)表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构,并关联至对应细胞分组。数据计算主要包括以下几步:A.由四种不同细胞类型组成的 n × G 单细胞表达矩阵。矩阵右侧的最后一列代表每个细胞的类型;B.在G维基因空间中,由高斯函数表示每个细胞。由于高斯波干扰,具有相对高概率密度的连续路径在数据流形上形成扩散路径;C.计算 n × n 的细胞间马尔可夫转移概率矩阵;原创 2023-12-31 15:50:46 · 706 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | line plot 分组及均值线:聚类后的表达变化趋势图
【代码】ggplot2 | line plot 分组及均值线:聚类后的表达变化趋势图。原创 2023-12-25 10:15:56 · 875 阅读 · 0 评论 -
pie plot | ggplot2 画饼状图,排序并标注文字
难点,如何保证饼图的顺序?难点2,如何保证饼图顺序和文字顺序一致?解决方法:设置分类变量为因子。原创 2023-12-22 15:41:17 · 636 阅读 · 0 评论 -
可视化 | 单细胞火山图 函数
单细胞 批量火山图展示高表达基因原创 2023-12-07 11:41:32 · 429 阅读 · 0 评论 -
heatmap | cell cycle genes in Seurat
目的:使用bulk 数据,查看HeLa 双胸苷阻断法 细胞同步化 释放 [0, 3, 4.5, 6, 9, 10.5, 12, 15, 18, 19.5, 21, 22.5, 25.5, 30] 小时后 cell cycle 基因的表达情况。原创 2023-11-18 20:10:55 · 187 阅读 · 0 评论 -
R包的尽头是 C/C++
R包的尽头是C/C++原创 2022-09-30 20:37:09 · 577 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | 连续型变量渐变色图例加黑边
ggplot2 渐变色bar怎么加黑边框?原创 2022-09-28 22:57:08 · 1008 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 用ggplot2画2个分类变量的计数柱状图
基本柱状图。原创 2022-09-16 17:20:35 · 4233 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 自定义R中的管道符 `%>>2%`
R 语言自定义管道符 `%>%`原创 2022-09-05 18:04:23 · 896 阅读 · 0 评论 -
R 语言 |普通矩阵怎么保存为稀疏矩阵的3列(i, j, x)格式?
R语言读写稀疏矩阵。原创 2022-09-05 17:38:18 · 712 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 公众号封面 Art using R
R语言作图,作为公众号封面原创 2022-08-29 19:56:52 · 273 阅读 · 0 评论 -
R 语言 |操作连接的函数 socketConnection 实现基于 socket 的 server/client 通信
R语言版的 socket 连接示例原创 2022-08-17 14:24:58 · 570 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 读入下三角矩阵文件,并填充为对称矩阵
下三角矩阵文本文件,读取到R中。原创 2022-08-15 16:43:30 · 1225 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 多线程包 RcppParallel 测试
R C++ 多线程并行包。原创 2022-08-10 21:21:38 · 938 阅读 · 1 评论 -
centOS7| 编译安装monocle3依赖的 gdal 库 - 动态链接库
centOS7 安装 monocle3 失败,还是用 ubuntu 安装吧。原创 2022-07-04 21:24:55 · 877 阅读 · 1 评论 -
色彩 | R 语言中的渐变色: viridis 包(色盲友好的颜色包)
色盲友好的颜色组合。适合热图。原创 2022-06-30 22:14:53 · 15052 阅读 · 0 评论 -
碰撞 |生信群交流纪要 2022.6.29
画大饼,拉人头,拉资金,才是顶级技能。原创 2022-06-29 18:50:24 · 307 阅读 · 1 评论 -
R语言 | 多项式回归, 正交多项式回归(Polynomial Regression), 滑动多项式回归(sliding polynomial regression)
多项式回归,R语言拟合。原创 2022-06-13 14:40:07 · 2088 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 文字进度条
Rstudio 载入的utils包自带文字进度条功能。一共三步,声明,在循环内使用,关闭。library(utils)max.block=100# step1pb <- txtProgressBar(min = 0, max = max.block, style = 3, file = stderr())# step2for (i in 1:max.block) { Sys.sleep(0.01+runif(1)/10) setTxtProgressBar(pb = pb,原创 2022-03-20 22:08:00 · 741 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | 如何把高亮的点画到最顶层?
思路:就是先用ggplot2正常画一遍。然后把要高亮的点拿出来再画一层。library(ggplot2)# 比如:高亮显示 cut 为 Ideal 的点的 克拉*价格df1=diamondsdf1$good=factor(df1$cut=="Ideal", levels=c(T, F) )g1=ggplot(df1, aes(carat, price, color=good))+ geom_point(size=2)+ theme_bw()+ scale_color_manual(原创 2022-03-10 11:28:49 · 1512 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果
使用 ggplot2 画基因差异表达的火山图,经典配色,并文字标记指定基因。原创 2022-02-23 16:57:50 · 4386 阅读 · 1 评论 -
使用 Gviz 包由bam文件画比对峰图(AlignmentsTrack)
CentOS7 + R4.1.1 + Gviz1.36.21. 输入为10x bam 文件(CellRanger比对)能整合 UCSC或ENSEMBL等来源的公开基因组注释数据染色体必须以 chr 字符串开头,可以决定通过调用 options(ucscChromosomeNames=FALSE) 来关此功能library(Gviz)## for 10xoptions(ucscChromosomeNames=FALSE) #10x没有这一行,就没有峰图rnaTrack1 <原创 2022-01-21 11:22:55 · 1235 阅读 · 0 评论 -
R语言:permutation test 置换检验
1. 生成男女生身高数据各20个男身高,mean=180, sd=10女身高,mean=178, sd=10set.seed(20211009)boy=rnorm(20, 180, 10)girl=rnorm(20, 178, 10)stu=c(boy, girl)# 计算初始均值差diff1=mean(boy) - mean(girl)diff1 #3.033677直接做t-test,p=0.257,差异不显著。# direct t-testt.test(boy,原创 2021-10-09 14:52:48 · 3694 阅读 · 0 评论 -
R语言通过RMySQL包操作mysql数据库(on linux) - 如何避免读写中文时乱码
环境是CentOS7,Rstudio1.Rmysql库安装注意: Rmysql库依赖DBI库install.packages("DBI")install.packages("RMySQL") 或 install.packages('RMySQL',type='source')查看已安装的包:.packages(all.available=TRUE)至此安装完毕,如果中间...原创 2019-10-10 11:49:23 · 391 阅读 · 0 评论