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单细胞
biomooc
这个作者很懒,什么都没留下…
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Seurat 5 demo
CentOS7.9 安装 Seurat 5原创 2024-02-17 17:56:03 · 257 阅读 · 0 评论 -
单细胞测序没有中性粒细胞?
建库流程需要特别注意,参考10x官网:https://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger/tutorials/cr-tutorial-neutrophilshttps://kb.10xgenomics.com/hc/en-us/articles/360004024032-Can-I-process-neutrophils-or-other-granulocytes-using-10x-Single-Cell-applications-原创 2024-01-03 17:15:18 · 447 阅读 · 0 评论 -
单细胞 | 可视化基因表达水平 云雨图:gghalves 包 左边散点,右边小提琴图
云雨图,半边散点,半边小提琴图原创 2024-01-02 10:35:38 · 430 阅读 · 0 评论 -
DotPlot | 重绘点图,指定cell type的颜色
左边是默认,右边是自定义颜色后。原创 2024-01-01 16:53:47 · 676 阅读 · 0 评论 -
单细胞 拟时序分析 | diffusionMap
DiffusionMap (扩散映射)是一款R软件,通过高斯模型和马尔科夫模型,把单细胞(scRNA)表达矩阵的非线性结构映射为连续性结构,并关联至对应细胞分组。数据计算主要包括以下几步:A.由四种不同细胞类型组成的 n × G 单细胞表达矩阵。矩阵右侧的最后一列代表每个细胞的类型;B.在G维基因空间中,由高斯函数表示每个细胞。由于高斯波干扰,具有相对高概率密度的连续路径在数据流形上形成扩散路径;C.计算 n × n 的细胞间马尔可夫转移概率矩阵;原创 2023-12-31 15:50:46 · 614 阅读 · 0 评论 -
可视化 | 单细胞火山图 函数
单细胞 批量火山图展示高表达基因原创 2023-12-07 11:41:32 · 374 阅读 · 0 评论 -
Cell markers | pbmc marker, 周期基因 marker genes
细胞周期相关基因总结。原创 2022-09-14 22:19:09 · 413 阅读 · 0 评论 -
cell marker | DB or Paper or Book or web Links
cell marker list原创 2023-12-03 10:44:42 · 46 阅读 · 0 评论