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biomooc
这个作者很懒,什么都没留下…
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边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法
【代码】边缘密度分布图 | ggExtra包/aplot拼图/ggpubr包 等的实现方法。原创 2024-06-02 21:25:28 · 454 阅读 · 0 评论 -
轮廓系数(Average silhouette) | 最佳聚类数的判定
在2有下降拐点,但是样本较多时分成2类一般意义不大。在7时也有下降拐点。原创 2024-05-22 21:33:28 · 538 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 画热图:geom_tile
👏🏻然后我这里使用了aplot包将上述三个元素拼到一起,形成了完整的热图。✅小方格可以用ggplot2中的geom_tile()函数来画。✅聚类树可以用ggtree()函数来画。✅分组条形图也是一样。原创 2024-05-22 11:21:39 · 302 阅读 · 0 评论 -
R语言 | 上下双向柱状图
【代码】R语言 | 上下双向柱状图。原创 2024-03-27 15:43:25 · 904 阅读 · 0 评论 -
R绘图 | 单列数据的分布图,对A变量分bin求B变量的平均值
数据分布的刻画:密度曲线原创 2024-02-26 21:29:39 · 285 阅读 · 0 评论 -
单细胞 | 可视化基因表达水平 云雨图:gghalves 包 左边散点,右边小提琴图
云雨图,半边散点,半边小提琴图原创 2024-01-02 10:35:38 · 489 阅读 · 0 评论 -
DotPlot | 重绘点图,指定cell type的颜色
左边是默认,右边是自定义颜色后。原创 2024-01-01 16:53:47 · 755 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | line plot 分组及均值线:聚类后的表达变化趋势图
【代码】ggplot2 | line plot 分组及均值线:聚类后的表达变化趋势图。原创 2023-12-25 10:15:56 · 874 阅读 · 0 评论 -
pie plot | ggplot2 画饼状图,排序并标注文字
难点,如何保证饼图的顺序?难点2,如何保证饼图顺序和文字顺序一致?解决方法:设置分类变量为因子。原创 2023-12-22 15:41:17 · 632 阅读 · 0 评论 -
可视化 | 单细胞火山图 函数
单细胞 批量火山图展示高表达基因原创 2023-12-07 11:41:32 · 425 阅读 · 0 评论 -
heatmap | cell cycle genes in Seurat
目的:使用bulk 数据,查看HeLa 双胸苷阻断法 细胞同步化 释放 [0, 3, 4.5, 6, 9, 10.5, 12, 15, 18, 19.5, 21, 22.5, 25.5, 30] 小时后 cell cycle 基因的表达情况。原创 2023-11-18 20:10:55 · 186 阅读 · 0 评论 -
html | 基于iframe的简易富文本编辑器
简易富文本编辑器的原型。原创 2023-08-19 10:29:04 · 1101 阅读 · 0 评论 -
css图标 | 来自 fontawesome 字体文件的586 个小图标
可以目测效果图,然后鼠标右击查看样式代码。原创 2023-08-01 15:26:48 · 1031 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | 连续型变量渐变色图例加黑边
ggplot2 渐变色bar怎么加黑边框?原创 2022-09-28 22:57:08 · 1007 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 用ggplot2画2个分类变量的计数柱状图
基本柱状图。原创 2022-09-16 17:20:35 · 4232 阅读 · 0 评论 -
色彩 | R 语言中的渐变色: viridis 包(色盲友好的颜色包)
色盲友好的颜色组合。适合热图。原创 2022-06-30 22:14:53 · 15007 阅读 · 0 评论 -
deeptools | bam to BigWig, 并使用IGV可视化峰图差异
直接把 bam 导入IGV看峰图太慢,把 bam 转为 bigWig 格式后,文件会小很多,载入也很快了。1. 安装软件启发: GEO 看到一句:Bigwig files were obtained with the bamCoverage function from deepTools. Values represent number of reads per bin. We used a bin size of 50.https://deeptools.readthedocs.io/en/dev原创 2022-05-23 16:47:24 · 9737 阅读 · 0 评论 -
R 语言 | 文字进度条
Rstudio 载入的utils包自带文字进度条功能。一共三步,声明,在循环内使用,关闭。library(utils)max.block=100# step1pb <- txtProgressBar(min = 0, max = max.block, style = 3, file = stderr())# step2for (i in 1:max.block) { Sys.sleep(0.01+runif(1)/10) setTxtProgressBar(pb = pb,原创 2022-03-20 22:08:00 · 740 阅读 · 0 评论 -
ggplot2 | 单细胞类间比较的火山图 - 经典效果
使用 ggplot2 画基因差异表达的火山图,经典配色,并文字标记指定基因。原创 2022-02-23 16:57:50 · 4382 阅读 · 1 评论