FASTX-Toolkit 剪切adapter

常见错误：
1:在安装该软件时候遇到，尤其时运行;make命令时候报错：“fgets called with bigger size than length of destination buffer”，请安装比较新版本，就解决了该问题。其它的基本上就按照网站上的说明一步一步做就可以了。（我用的是Ubuntu）
2:如果在运行 fastx_quality_stats 过程中出现“fastx_quality_stats: Invalid quality score value (char '#' ord 35 quality value -29) on line 4”，请在参数中加入“-Q 33”,例如： fastx_quality_stats -i fastq_file -Q 33 -o fq_stat

fastxtoolkit是直接用命令行控制的，仅需要将目标文件放入目录下，然后输入：                                                              

fastx_clipper -v -i test.fastq -a CCTTAA -o test_rmadapter.fastq

本人的adapter用的是Illumina的，所以根据当时使用的酶查找Illumina手册，其中Illumina常见adapter如下：

DpnII gene expression oligonucleotide sequences Gex Adapter 1 5' P-GATCGTCGGACTGTAGAACTCTGAAC 5’ ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGAC Gex Adapter 2 5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN 5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG Gex PCR Primer 1 5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA Gex PCR Primer 2 5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA Gex Sequencing Primer 5' CGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC NlaIII gene expression oligonucleotide sequences Gex Adapter 1 5' P-TCGGACTGTAGAACTCTGAAC 5' ACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG Gex Adapter 2 5' CAAGCAGAAGACGGCATACGANN 5' P-TCGTATGCCGTCTTCTGCTTG Gex PCR Primer 1 5' CAAGCAGAAGACGGCATACGA Gex PCR Primer 2 5' AATGATACGGCGACCACCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA Gex Sequencing Primer 5' CCGACAGGTTCAGAGTTCTACAGTCCGACATG

另外，双端用的是PE Adapters1 5' P-GATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAG 5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT PE PCR Primer 1.01 5' AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT PE PCR Primer 2.01 5' CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT PE Read 1 Sequencing Primer 5' ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT PE Read 2 Sequencing Primer 5' CGGTCTCGGCATTCCTGCTGAACCGCTCTTCCGATCT