fastx_toolkit:处理fasta/fastq文件的小工具

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在NGS数据分析中，常常需要对fasta/fastq文件进行一些处理，fastx_toolkit是一款综合性的工具，提供了很多有用的功能，能够简单方便的处理序列文件。官网如下

http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit

官网提供了二进制可执行文件，直接下载即可

wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2
tar xjvf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2

fastx_toolkit由一系列的命令组成，每个命令提供一个实用的小功能。在使用时需要注意以下几点

1. 不支持压缩格式的输入文件

2. 不允许序列中存在N碱基，这样的序列会自动去除

3. 可视化命令依赖gunplot软件和perl的GD模块

4. 默认情况下认为fastq文件的碱基编码格式为phred64

对于目前主流的phred33编码的fastq文件，需要添加参数-Q 33。

1. 将fastq文件转换为fasta文件

fastq_to_fasta命令可以将fastq文件转换为fasta文件，基本用法如下

fastq_to_fasta -i