ubuntu下安装R

在Ubuntu软件中心搜索 r-base 直接安装

或者

添加源，然后通过apt-get安装：

1. sudo apt-get install r-base  

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方法2

下载R的源码包（http://www.r-project.org/），比如：R-2.13.0.tar.gz

解压：

1. tar -zvxf R-2.13.0.tar.gz  

配置：

1. cd R-2.13.0  
2. ./configure --prefix=/home/xxx/R --enable-R-shlib   

prefix设置R的安装路径，enable-R-shlib可以保证lib目录下的动态库能够共享

如果提示G77错误

1. sudo apt-get install build-essential  
2. sudo apt-get install gfortran  

如果提示错误：configure:error:--with-readline=yes(default)...

1. sudo apt-get install libreadline6-dev  

如果提示错误：configure:error:--with-x=yes(default) and X11...

1. sudo apt-get install libxt-dev  

安装：

1. make  
2. make install  

link到bin目录下：

1. cd /bin  
2. sudo ln -sv /home/xxx/R/bin/R  

至此安装完毕。

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安装pkg：

终端下输入：R

1. source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")  
2. biocLite()  

默认将安装一下几个包

affy affydata affyPLM

annaffy annotate Biobase

Biostrings DynDoc gcrma

genefilter geneplotter hgu95av2

limma marray matchprobes

multtest ROC vsn

xtable affyQCReport

如果需要Bioconductor上别的包的话，可以使用

biocLite(c("pkg1", "pkg2"))

如：

1. biocLite(c("copula", "pspline"))  

安装CRAN上的包

1. install.packages(c("pkg1", "pkg2"))  

来安装（pkg1和pkg2为需要安装的包）。
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编辑器：

1.直接shell。终端输入R，就进入R命令行了。

2.安装GUI：Rcmdr

1. sudo apt-get install r-cran-rodbc  
2. sudo apt-get install r-cran-rcmdr  

运行R后，library(Rcmdr)就可以打开图形界面。

3.用emacs

通过软件中心搜索emacs ess直接安装。打开emacs

M-x  R

输入R的路径，就进入R编辑模式了。

emacs中可以用下面三条指令把正在编辑的程序文本送给R运行：

C-c C-n 当前行
C-c C-c 当前段
C-c C-b 当前整个文件