r语言和metawin_R语言中操作vcf文件的一个实例—vcfR包

参考资料链接

安装vcfR

直接通过install.packages()函数就可以安装

install.packages("vcfR")

vcfR简介vcfR is a package intended to help visualize, manipulate and quality filter data in VCF file.

vcf格式文件

利用各种测序数据检测变异的结果存储文件，简单划分vcf格式文件里的内容 - ‘#’号开头行 - 非#号开头行

vcfR包存储vcf文件分为三个部分 - ‘#’号开头行——meta - 非#号开头行分为fix和gt两个部分

fix部分存储vcf文件中非#号开头行的前7列，分别是染色体编号

碱基位置

ID

参考碱基

变异碱基

质量值

是否过滤

gt 部分存储两部分内容format

样本基因型

本文的数据使用 pinf_sc50.vcf.gz 来自R包 pinfsc50

读入数据

vcf

可以通过@符号获取meta、fix、gt三部分数据

vcf@meta

vcf@fix

vcf@gt

另外一些操作数据的操作

queryMETA(vcf,element="AD")

getFIX(vcf)[1:2,1:7]

vcf@gt[1:5,1:7]

gt

gt[1:2,1:7]

结合基因组注释文件对数据进行展示

install.packages("ape")

library(ape