r语言 siar 代码_sair方法及R操作入门——稳定同位素之食物来源比例分析

(本文于2016-10-5 20:29 首发于 “科学网”)

在稳定同位素领域，20世纪70 80 年代开始，利用碳氮稳定同位素来研究食物网结构成为有力的技术手段，以弥补传统的胃含物方法中较难分析的空胃率较高的生物的缺陷。

在食物网研究中，主要包括食物来源和营养级的分析。其中，食物来源分析中严格来讲，1种同位素只能对应2种食物来源的分析，n种同位素相对应n+1种食物来源的分析。

问题是，例如有5种食物来源，只用碳、氮2种同位素进行食物来源分析就很困难，20世纪后半叶，普遍采用的方法是Isosource软件进行计算。但是这种方法：①只使用饵料生物同位素的平均值，未考虑标准差的影响；②只使用固定浓缩系数(TEF)值(e.g., 碳氮同位素分别使用1‰ 和3.4‰)，也未考虑其标准差的影响等(Parnell AC, Inger R, Bearhop S, et al.,2010)。

本文简要介绍基于贝叶斯算法的最新方法: siar(stable isotope analysis in R)在R软件上的操作过程。

补充R语言基础知识：

上述图片中的 蓝色字体内容均为R代码，并非csv文件里面的内容。上述图片包括3个独立的.csv文件，分别为sources.csv，corrections.csv和consumers.csv文件。而不是都输入在一个.csv文件里。

①上述图片最左一列(1~3,1~19)为excel或csv软件的侧栏编号，请勿写入excel或csv文件的第一列。即，本例中：csv文件的第一列标题为Source或Group。

②R语言软件自身缺点所致，在csv文件数据等所有内容最好不要用宋体等中文字体，建议同意采用新罗马字体，否则容易识别出错或乱码。

③ 写好的csv文件在保存时，请务必选择 CSV(MS-DOS)或苹果电脑选择 CSV(Macintosh)后缀保存，而不要选择其他的CSV后缀保存。1

2

3

4

5

6library(siar)

graphics.off()

sources

consumers

corrections

concs

step2: 作图如下

1

2

3model1

<