linux 查看vcf文件,Linux生信练习4-vcf

原始数据准备

cd biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64/example/reads/

../../bowtie2 -x ../index/lambda_virus -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq | samtools sort -@ 5 -o tmp.bam -

bcftools mpileup -f ../reference/lambda_virus.fa tmp.bam |bcftools call -vm > tmp.vcf

Q1

把突变记录的vcf文件区分成 INDEL和SNP条目

grep -v "^#" tmp.vcf | grep INDEL > tmp.indel.vcf

grep -v "^#" tmp.vcf | grep -v INDEL > tmp.snp.vcf

Q2

统计INDEL和SNP条目的各自的平均测序深度

cut -f 8 tmp.indel.vcf | cut -d";" -f 4 | less -SN

number=$(grep -c gi tmp.indel.vcf)

sum=$(cut -f 8 tmp.indel.vcf | cut -d";" -f 4 | cut -d"=" -f 2 | paste -s -d +|bc)

echo "$sum/$number" | bc

cut -f 8 tmp.snp.vcf | cut -d";" -f 1 | less -SN

number=$(grep -c gi tmp.snp.vcf)

sum=$(cut -f 8 tmp.snp.vcf | cut -d"