生信技能52 - VCF文件hg38与hg19坐标相互转换

最新推荐文章于 2024-10-17 20:17:36 发布

生信与基因组学

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签： linux 数据分析数据挖掘

本文链接：https://blog.csdn.net/LittleComputerRobot/article/details/140346085

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对SNP/INDEEL Calling获得的VCF文件进行hg38与hg19的坐标相互转换。

1. 基础软件安装

# 安装tabix
conda install tabix -y
# 安装gatk
conda install gatk -y

2. 下载liftover需要的chain文件

# hg38转hg19坐标文件
gwet 'https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz' -O hg38ToHg19.over.cha

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生信技能33 - gnomAD数据库hg19/hg38 VCF文件批量下载脚本

LittleComputerRobot的博客

01-06

664

gnomAD v2.1.1数据集包含来自125，748个外显子组和15，708个全基因组的数据，所有这些数据都映射到GRCh 37/hg 19和GRCh 38/hg 38 两个版本的参考序列。

基因组坐标转换，hg19 hg38 T2T相互转

qq_21478261的博客

04-30

287

支持输入格式。

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bed vcf 文件 GRCH37转 GRCH38 hg19 转hg38

qq_40265284的博客

02-29

5193

准备文件： hg19ToHg38.over.chain.gz hg38ToHg19.over.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz GRCh37_to_GRCh38.chain.gz 下载网页打开很慢，已经放到百度云盘链接：https://pan.baidu.com/s/1CGQ4TtaibfiMPlkFXSD4yQ 提取码：oqkd 1. bed 文件 hg...

参考基因组坐标转换 hg38 hg19

dujidan的博客

03-19

3305

参考基因组坐标转换 hg38 hg19 俗话说，工欲善其事必先利其器首先，你要有一套nb的工具，这里就介绍一下 UCSC 的 liftOver，这就是用来做不同版本基因组间的转换。 1、下载必要的软件和文件 # 下载坐标转换对应文件，hg19到hg38 # wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.u

不同参考基因组版本转换hg38tohg19 vcf

hh5187的博客

10-06

2532

下载hg19的2bit文件 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/hg19.2bit 下载2bit to fasta工具，将2bit格式的参考基因组转换为fasta格式 rsync -aP rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/genome/admin/exe/linux.x86_64/ ./ ...

hg18vshg19转换工具

悠悠的博客

10-09

2219

(BED or chrN:start-end formats): (BED or chrN:start-end formats): http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver

linux+基因组字符替换,liftover基因组版本直接的coordinate转换

weixin_27051161的博客

05-15

360

下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/使用方法:【从hg38转到hg19】因为主流的基因组版本还是hg19，但是时代在进步，已经有很多信息都是以hg38的形式公布出来的了。比如，我下载了pfam.df这个protein domain注释文件，对人的hg38基因组每个坐标都做了domain注释，数据形式如下：查看文件内容head pfam.hg3...

liftover 转换不同版本的GRCh

onlookerq的博客

08-15

1212

liftover 转换不同版本的GRCh

{转载}+{实践}hg37转hg38

where is redhat

10-19

3215

原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a6c136d0102vy13.html 基因组定位转换：前言：最近在整理一批数据，有一部分数据是hg19的定位，还有一部分是hg38的定位。最后需要将这两部分数据都统一到hg38的定位，因此需要批量将hg19的定位转换到hg38的定位。之前UCSC上有一个工具——hgLiftOver，是在线的。 #(该工具在不同装配之...

linux 查看vcf文件,Linux生信练习4-vcf

weixin_28887297的博客

04-29

891

原始数据准备cd biosoft/bowtie2/bowtie2-2.4.1-linux-x86_64/example/reads/../../bowtie2 -x ../index/lambda_virus -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq | samtools sort -@ 5 -o tmp.bam -bcftools mpileup -f ../reference/l...

生信技能39 - 通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg38参考序列及其索引

LittleComputerRobot的博客

01-26

187

通过UCSC单条染色体Fasta序列构建hg19参考序列及其索引

不同参考基因组版本间 bed vcf文件转换

qq_42962326的博客

06-14

4506

1. 通过liftover转换bed文件坐标 1.1 下载转换的chain文件 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html#human hg19转hg38 的chain wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/hg19ToHg38.over.chain.gz hg38转hg19 的chain wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenP

linux 基因组字符替换,基因组版本转换工具-liftover

weixin_34476045的博客

05-13

1205

前言Liftover是UCSC中用于基因组版本之间转换的一个工具，既可以做某一物种内基因组版本的转换，还可以做物种间基因组版本的转换。UCSC提供了两种操作方式，既提供了网页版，还提供了linux上的版本。1、网页上操作相对来说比较简单，首先需要选择几个重要的参数。包括输入文件的物种，基因组版本号，输出文件的物种，版本号信息，如果下拉菜单中没有此物种的信息，则证明不能转换。这个参数为映射的最小比率...

一看就能学会的，不同基因组版本坐标转换方法

庐州月光的博客

03-29

3099

欢迎关注”生信修炼手册”!对于同一个物种而言，会存在不同的基因组组装版本，以human为例，UCSC有以下多个版本hg38/GRCH38hg19/GRCH19hg18/NCBI18由于版...

做研究用hg19还是hg38基因组？一行代码将hg19的bw文件转成hg38

微生信

08-28

1089

数据分析的时候，一定要看清楚，网上的数据到底是hg38还是hg19！因为除了大型数据库外，其他的小型数据库、网站经常是发了文章就不再更新，甚至是发了文章6个月以后就找不到那种，一定要“三思而后行”，避免浪费时间！...

Linux 命令：每日一学，一文说尽打包压缩工具实践

WeiyiGeek 唯一极客IT知识分享

10-12

761

[知识是人生的灯塔，只有不断学习，才能照亮前行的道路]文章目录：0x00 前言简述前面，我们介绍了Linux中文件查找find命令以及与之联用最勤的xargs命令，作者以一个个简单的实例给各位看友展示了在运维中两个命令的使用技巧，今天我们再来介绍一些打包、压缩解压等相关命令。在 Linux 系统中，我们经常需要使用到压缩和解压文件，使用压缩文件可以减少文件大小，从而减少存储空间，以及在网络传输...

Linux USB