生信技能33 - gnomAD数据库hg19/hg38 VCF文件批量下载脚本

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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： 数据库
于 2024-01-06 09:35:25 首次发布
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本文介绍了如何批量下载gnomAD数据库的hg19和hg38 VCF文件，提供了下载脚本及后台运行的方法，帮助用户获取gnomAD v2.1.1的数据集。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

gnomAD数据库下载地址

gnomAD downloads

gnomAD v2.1.1数据集包含来自125，748个外显子组和15，708个全基因组的数据，所有这些数据都映射到GRCh 37/hg 19和GRCh 38/hg 38 两个版本的参考序列。

gnomAD hg19

gnomAD数据库hg19与hg39 VCF文件批量下载脚本

download.sh

# 获取当前目录路径，下载文件至当前目录
current_dir=`pwd
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  cat list|xargs -i echo "wget -c http://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/hg19/gnomAD/vcf/{} > {}.log 2>&1 &" |sh （cat list |xargs -i echo "wget -c {} >> test.log 2>&1 &"|
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