16S基因全长1500bp左右,基因序列包括间隔分布的保守区和可变区,对于细菌一般包括10个保守区(C1-C10)和9个可变区(V1-V9)。不同种类的细菌有相同的保守区序列和不同的可变区序列,因此可以根据保守区序列设计引物来扩增环境样品中所有细菌16SrRNA基因,而根据可变区序列来区分不同种类的细菌。
测序引物对序列如图
一般而言,我们环境微生物组学常用的,也是认可度比较高的测序区域是V3-V4,V4-V5,或者单测V4区。在Illumina时代,由于平台测序长度的限制,V4单区测序(515F/806R)被更为广泛地使用。也是地球微生物计划中推荐使用的引物序列。
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