菌群16S测序引物的选择

16S基因全长1500bp左右，基因序列包括间隔分布的保守区和可变区，对于细菌一般包括10个保守区（C1-C10）和9个可变区（V1-V9）。不同种类的细菌有相同的保守区序列和不同的可变区序列，因此可以根据保守区序列设计引物来扩增环境样品中所有细菌16SrRNA基因，而根据可变区序列来区分不同种类的细菌。

测序引物对序列如图

一般而言，我们环境微生物组学常用的，也是认可度比较高的测序区域是V3-V4，V4-V5，或者单测V4区。在Illumina时代，由于平台测序长度的限制，V4单区测序（515F/806R）被更为广泛地使用。也是地球微生物计划中推荐使用的引物序列。

ref:

http://www.bgitechsolutions.com/sequencing/32

https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/106552168