16生成OTU表

最新推荐文章于 2023-04-27 14:49:23 发布
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分类专栏： 微生物之16S 文章标签： OTU表
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本文链接：https://blog.csdn.net/rojyang/article/details/81475079
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在扩增序列X的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部分X序列延伸阶段就结束了，在下一轮的PCR反应中，这部分序列作为序列Y的引物接着延伸，扩增就会形成X和Y的嵌合体序列。

### 参考数据库RDP
wget http://drive5.com/uchime/gold.fa

usearch10 -uchime2_ref （除嵌合体）

## 基于RDP数据库 去嵌合
usearch10 -uchime_ref otus_chimera.fa -db gold.fa -strand plus -nonchimeras otus.fa

（“去除非细菌的序列”）

usearch10 -usearch_global （生成otu表）

## OTU表，是每个OTU在每样品中的丰度值,得到一个矩阵表
usearch10 -usearch_global usearch_input.fa -db otus.fa -otutabout otu_table.txt -biomout otu_table.biom -strand plus -id 0.97 -threads 10

参考：宏基因组

猿大人007
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专栏目录
bpaotu:澳大利亚微生物组的OTU数据库访问
05-15
澳大利亚生物平台-操作分类单位（OTU）查询系统 BPA-OTU是一个基于Web的门户网站，用于访问操作分类单位（OTU）数据，旨在访问澳大利亚微生物组的数据。 快速设置 git clone ./develop.sh build base ./develop.sh build builder ./develop.sh build dev ./develop.sh build node develop.sh up将加速堆栈。 有关一些实用程序的方法，请参见./develop.sh ，它们通常是简单的包装./develop.sh -compose。 输入数据 BPA-OTU加载输入数据以生成名为otu的PostgreSQL模式。 导入器功能会完全清除所有先前加载的数据。 摄取了三类文件： 上下文元数据（XLSX格式；为海洋微生物和BASE元数据提供了数据导入） 分类文件（扩展
按照物种丰度对OTU表格进行拆分-丰富和稀有物种识别
wlzjdba的博客
07-17 1万+
稀有物种 (rare taxa, RT)，在所有的样本中丰度均低于0.1%； 丰富物种 (abundant taxa, AT)，在所有的样本中丰度均高于1%； 中等物种 (moderate taxa, MT)： 在所有样本中丰度在0.1%至1%之间； 条件稀有物种 (conditionally rare taxa, CRT)： 在所有样本中丰度均低于1%，同时在部分样本中丰度低于0.1%； 条件丰富物种 (conditionally abundant taxa, CAT)： 在所有样本中丰度均高于0.1%，
扩增子图表解读3热图：差异菌、OTU及功能
weixin_30692143的博客
08-02 997
热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形。通常还会结合行、列的聚类分析，以表达实验数据多方面的结果。 热图在生物学领域应用广泛，尤其在高通量测序的结果展示中很流行，如样品-基因表达，样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现。 热图优点 因为人读数字需要思考和比较，而对颜色识别能力非常强，采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式，也便于从中挖掘规律。 热图在非...
利用usearch生成OTU表
weixin_42480153的博客
11-14 7152
解压序列文件 gzip -d *.gz 重命名fq文件为fastq rename 's/fq/fastq/' *.fq rename 's/\.1\.fq/\_R1\.fastq/' *.fq rename 's/\.2\.fq/\_R2\.fastq/' *.fq rename 's/raw\.split\.//' *.fastq 拼接序列 usearch -fastq_mergepa...
使用 MENA 和 Gephi 作分子生态网络分析(Molecular Ecological Network Analysis)图
m0_54841047的博客
04-27 6929
使用 MENA 网站和 Gephi软件，做一个简单的分子生态网络图
利用Excel处理OTU表
weixin_42480153的博客
09-07 1万+
1 OTU表数据一维化（使用excel2016版本以上） 现在的数据有2个维度，OTU和样本，接下来我们要把维度降低到一维，只保留OTU这个维度，原样本信息以数据标签的形式标注在值的后面。 选择数据→从表格，这里会打开一个查询编辑器 将第一行设置为列名，选中第一列和最后一列，点转换，逆透视其他列 现在数据全都在一列了，原样本信息在属性列 开始→关闭并上载， 修改一下C列...
用Mothur制作OTUtable
weixin_42480153的博客
07-14 2806
数据类型：rawdata。因为下机数据是用qiime拆分的，最好还是从拼接步骤开始做吧。数据和上篇的是一批的：https://blog.csdn.net/weixin_42480153/article/details/81036510 提前准备的内容包括：greengene序列文件，greengene注释文件，greengene的align（该怎么翻译，对齐吗？）文件。数据库文件提前下载好，放在...
Mothur可视化_Mothur输出结果可视化_测序数据分析常用图表
HUANWEIFENXI的博客
09-05 981
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！ 本文主要讲解了对生物信息分析软件Mothur的分析输出结果文件进行图形可视化，及其可视化结果的应用。 前言：小编刚开始看高通量测序数据分析文章的时候，感觉个个图表都高大上，但只觉得别人画的真好，自己却真的一无所知耶，更别提能看
OTU分析和作图
Ginger2330的博客
11-26 1万+
韦恩图 Venn 　　venn 图可用于统计多个样品中所共有和独有的OTU 数目，可以比较直观的表现环境样品的OTU 数目组成相似性及重叠情况。通常情况下，分析时选用相似水平为97%的OTU 样品表。 参考文献： 　　Fouts DE, Szpakowski S, Purushe J, Torralba M, Waterman RC, et al. (2012) Next Generation Sequencing to Define Prokaryotic and Fungal Diversity
宏基因组笔记（第二章）
zd200572的博客
10-25 826
一直以来，看到这本书《Statistical Analysis of Microbiome Data with R》活跃在朋友圈和公众号，既然口碑这么好，当然有必要学习下啦！分享记录一下书中我所认为重要的点。下面是这本书的第二章： 什么是微生物组数据 2.1 测序 16S或者宏基因组测序后，数据使用Qiime或Mothur，比对或者denovo聚类生成OTU表格，注释获得物种分类表，以及相对丰度。 2.2 数据结构 是结构化的进化树，系统发生关系和进化。样本（行）-特征（列）偶发表，特征可以是OTU、基因
dogs:用于“狗和人类炎症性肠病的重叠笔记本依赖重叠但明显的营养不良网络”的同伴笔记本
05-01
但是，我们提供了主数据文件（元数据和OTU表），可以使用这些命令从中生成其余数据。 序列数据的其余部分可以通过Qiita（请记住登录）自由访问。 在笔记本电脑的多个位置，有一些引用远程地址的单元（例如，在ssh...
pipits:自动流水线用于分析Illumina中的真菌ITS
05-09
现在，它会生成正确的汇总表（它曾经在“族”级别进行汇总，但现在在“物种”级别进行了汇总）更新（2020年4月26日）-PIPITS 2.6 BIOM修复了系统表错误。 在升级BIOM（依赖项之一）之后，系统型表无意间被归一化值...
q2oligo:将 QIIME 文件转换为 Oligotyping 子集
07-07
输入文件： 由assign_taxonomy.py 生成的tax_assignment.txt 文件otu_map.txt 文件由 QIIME OTU 聚类产生。 它有一个数字 OTU ID，后跟以制表符分隔的序列 ID。 这将被子集化以仅包含匹配正确分类法的条目。 分类学...
geojson-phylogeny:使用 GeoJSON 在地图上显示系统发育
06-15
给定一个包含地理坐标和一组 OTU 分类分配信息的 NEXUS 格式的树文件，我们可以生成一个 GeoJSON 文件，其中包括系统发育、OTU 的位置、将 OTU 连接到它们在系统发育中的位置的线以及，如果多个 OTU 属于同一分类群...
测序数据分析之OTU
热门推荐
Christina
12-10 3万+
1. OTU（Operational Taxonomic Units）操作分类单元：是在是在系统发生学研究或群体遗传学研究中，为了便于进行分析，人为给某一个分类单元（品系，种，属，分组等）设置的同一标志。在生物信息分析中，一般来说，测序得到的每一条序列来自一个菌。要了解一个样品测序结果中的菌种、菌属等数目信息，就需要对序列进行归类操作（cluster）。通过归类操作，将序列按照彼此的相似性分归为许...
Mothur6_基于OTU的分析
HUANWEIFENXI的博客
09-05 1081
本人在读研究生，方向环境微生物。之前在学习生物信息分析过程中在网络上四处奔走获取相关学习资料与解决问题，好生麻烦。于是，我就把与同学一起做的一些生物信息分析相关教程与经验总结搬运到这个CSDN这个大平台上来，希望能够与大家一起学习讨论。班门弄斧，大神见文多指教，抱拳抱拳抱拳抱拳！ 本文主要介绍生物信息学软件 Mothur基于OTU的分析流程。 数据分析 接下来实际分析数据。关注基于OTU的数据集，与使用ASV或phylotypes进行的分析基本相同。另外，请记住，当比较早期和晚期样本时，最初的问题与这
生物信息数据分析
我是菜鸡
04-13 1万+
目录看我多样性指数alpha多样性指数Chao1丰富度估计量（Chao1 richness estimator）香农多样性指数（Shannon diversity index）辛普森多样性指数（Simpson diversity index）beta多样性指数PCoA分析PCA分析NMDS分析 多样性指数 alpha多样性 beta多样性 gamma多样性 alpha多样性指数 （样本内多样性...
扩增子分析解读4去嵌合体,非细菌序列,生成代表性序列和OTU表
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-11 8849
写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料，加速大家对同行文章的解读能力。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术，由于微生物组受环境影响大，实验间重复较差，更需要更多的实验重复和分析技术来保证结果的准确性、可重复性。本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码
OTU/ASV/Feature tabel 表格 过滤 相对丰度 微生物
08-07 7524
自己看微生物 扩增子或宏基因组文章的材料方法，找过滤标准 然后转化成相对丰度 #导入数据#行=样本 列=OTU data=read.csv("L6.csv",row.names = 1,header=T) #ASVs with fewer than 10 reads were removed.data[data < 10] <- 0 #过滤方法library(Hmisc)#我处理的属水平genus <- data #相对丰度转化A=genus #行=样本 列=OTUC=A/..
从otu表提取门类丰度
最新发布
01-06
OTU表是根据测序数据生成的，其中每一行代表一个OTU（操作税单元），每一列代表一个样本。在OTU表中，可以包含丰度信息，即每个OTU在每个样本中的相对丰度。 要从OTU表提取门类丰度，可以按照以下步骤进行： 1. ...

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