linux下phylip软件构建NJ树,利用phylip构建进化树详解

构建进化树可以用DNA序列，也可以用protein序列。本文就如何利用蛋白序列进行进化树的构建步骤进行详细解析：

一、利用phylip进行蛋白序列进化树分析步骤

1.       运行Clustalw，得到protein.phy文件；

2.       运行seqboot，输入protein.phy文件，输出protein_1.outfile。R选择1000，seed number： 3，然后选择Y。将得到的protein_1.outfile改名为protein_2.infile。

3.       运行protpars，输入protein_2.infile，输出protein_2.outfile和protein_2.outtree。J选择3(seed number)，5(jumple number)，M值选择D，然后输入1000 (sets)。最后选择Y。将得到的protein_2.outtree改为.

4.       运行consense，输入protein_3.intree，选择Y。得到protein_3.outfile和protein_3.outtree

到此为止，利用seqboot计算的bootstrap值已经完成，但是protein_3.outtree构建的tree没有branch length数据，无法直观的显示序列之间的差异。此时，应该利用tree-puzzle来计算branch length。http://java.com/en/download/index.jsp )

Tree-puzzle使用说明

利用tree-puzzle计算branch length步骤：

1． Windows下，进入tree-