linux下phylip软件构建NJ树,进化树构建-NJ法(mega)

进化树构建－NJ法 V1.2

By ZHAO Yangguo, email: sunshine.zhao@yahoo.com.cn

通过长期的分析认为对于16S rDNA序列的进化(Phyligenetic tree)树建，采用NJ(Neighbor-joining)法更准确，而且相比其它方法速度较快。

在以前版本介绍中，我们以phylip中的软件包为例说明构建进化树的基本过程及评价方法，但由于方法较为复杂，应用受到很大限制。基于Mega 4.0(free of charge, )刚刚发布，我们将以此软件为工具进行系统发育树的构建分析，希望给广大初学者以帮助。

软件包下载网址：

Mega 4.0

Treeview:

1 序列的整理及相似序列的获得

将已测得的16S rDNA序列去掉载体序列后，全部改成fasta格式，并放到一个.txt文件中。如下所示：

―――――――――――――――――――――――――――――

>Eu-b1

AGAGTTTGATCCTGGCTCAgGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACgCGAAAGGGACTTCGGTCCTGAGTAAAGTGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTAGATAACCTGTCTTTGTGTCTGGAATAATACTTCGAAAGGGGTACTAATACCGGATAACCTTGCTTTTCACAAGTTATGCAAGCAAAGGTGGCCTCTGATACAAGCTACTGCATGAAGAGGGGTCTGCGTACCATTAGCTAGTAGGTGGGGTAATGGCCTACCTAGGCGACGATGGTTAGCGGGTCTGAGAGGATGATCCGCCACACTGGCACTGGAACACGGGCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAGGAAGGCCTTCGGGTCGTAAAGCTCTGTCAAGAGGAAAGAAGTGCATAATGGTTAATACCTGTTATGTTTGACGGTACCTCTAAAGGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAA

>Eu-b2

AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGGATGAGAAGAGCTTGCTCTTCGATTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAATACCTAGGAATCTGCCTGGTAGTGGGGGACAACGTTTCGAAAGGAACGCTAA

TACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGACCTTCGGGCCTTGCGCTATC

AGATGAGCCTAGGTCGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCTACGATCCGTAACTGGTCTGAGAGGATGATCAGTCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAA

GCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAAGCACTTTAAGTTGGGAGGAAGGGCATTAACCTAATACGTTAGTGTTTTGACGTTACCGACAGAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGG