本文介绍了如何利用PHYLIP软件在Linux环境下，通过SNP数据构建NJ系统进化树。首先讲解了不同构建进化树的算法，然后详细阐述了PHYLIP的安装、输入文件格式转换以及seqboot、dnadist、neighbor和consense等程序的使用，并提供了参数设置示例。最终，通过treeview和iTOL进行进化树的查看和编辑。
大概是长期的不锻炼使得今天的爬山运动过量了，接着悲剧就是无法入眠。也幸亏明天是周日，干脆就起床码字了。
总结下自己前面用snp构建系统进化树的方法吧。
1.构建进化树的算法
构建系统进化树的方法主要有以下几类：
基于距离矩阵的方法:NJ(邻接法)
MP(最大简约法)
ML(最大似然法)
以及贝叶斯法。
一般情况下，若有合适的模型，ML的效果较好；
近缘序列的话，一般使用MP；
远源序列，一般使用NJ或者ML。
在分析变异过滤得到SNP时，一般都会用PHYLIP构建NJ进化树。
那么具体如何操作呢？
软件安装
软件安装较为简单
wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.69.tar.gz ./ #下载软件
tar zxvf phylip-3.69.tar.gz #解压
cd phylip-3.69/src
make install
#以上几步即安装完软件，文件夹中的exe目录里为可执行程序
2.输入文件的格式转换
输入文件格式事例.png
其中第一行为构建进化树的样品数以及每个样品使用的snp数目。
第二行及以下为每个样品的名称及snp的具体内容。需要注意的是样品的名称必须为10个
最低0.47元/天 解锁文章
扫一扫
2139
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
