linux下phylip软件构建NJ树,利用phylip软件对SNP数据构建进化树

1、下载、安装 phylip软件

wget http://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz

tar -xzvf phylip-3.697.tar.gz

cd phylip-3.697/

cd src/

make -f Makefile.unx install

89fd600498f48824daa1c2546afc63a4.png

安装成功的标志。

可执行程序在exe路径下:

5597fa2875bd824663a61f33952bdd89.png

4a5524dfd73f583f0696febdb8e41433.png

2、下载测试数据 ,提取一小部分进行测试:

链接:https://pan.baidu.com/s/1VxgJK5asCEjukOeA1V5rlg

提取码:e69n

head -n 5 test.ped | cat - a && mv a test.ped

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### 回答1: bcftools是一个广泛使用的命令行工具,用于处理VCF格式的变异调用数据。它支持检查,过滤,转换和合并VCF文件。利用bcftools可以生成高保真度和高质量的系统发育构建系统发育必须先生成一个vcf文件。在vcf文件中,包含了每个样品在每个位置上的碱基。然后,可以使用bcftools进行变异的过滤和筛选,以过滤掉低质量的碱基以及不太可靠的变异。 在变异筛选之后,可以使用bcftools将过滤后的vcf文件转换为phylip格式。phylip是一种用于构建系统发育的标准格式。然后,利用phylip格式的文件和其他的支持文件,可以使用常规的系统发育软件,如RAxML和PhyML,构建系统发育。 总之,bcftools是一个非常有用的工具,能够对VCF格式的变异调用数据进行全面处理,并可以生成高质量的系统发育。它对于分子生物学和生物信息学研究都是非常重要的工具。 ### 回答2: BCFTools是一个非常流行的工具,可以用于处理VCF文件并构建系统发育。使用BCFTools处理VCF文件有很多好处,例如可以过滤VCF文件中无用的信息,筛选出感兴趣的位点等。 要使用BCFTools构建系统发育,我们需要先将VCF文件中的数据转换成BCF文件。这可以通过使用bcftools view命令将VCF文件转换成BCF文件来完成。然后,我们需要使用bcftools query命令从BCF文件中提取需要的信息,例如基因型、SNP位点等。可以使用bcftools filter命令在提取信息的同时进行一些筛选操作,例如过滤掉低质量的位点、过滤掉缺失值等。 最后,在得到所需的信息后,我们可以使用构建系统发育所需的软件,例如PHYLIP等,将提取的信息输入到软件中进行分析和构建系统发育。 总之,使用BCFTools处理VCF文件可以大大简化系统发育构建过程,提高分析效率和准确性。但是,需要注意保证数据质量和正确性,以避免结果出错。 ### 回答3: BCFtools是一种用于处理VCF和BCF文件的工具集,可以用于构建系统发育。通过将多个样品的VCF文件合并以构建总体样本的VCF文件,可以使用BCFtools执行操作,例如基因型过滤、缺失数据的填充以及变异注释。 构建系统发育需要将样品的遗传差异映射到形结构中,以显示它们的亲缘关系。一种构建方法是使用多序列比对将DNA序列对齐,然后执行基于序列比较的形建构分析。另一种方法是使用变异的相对频率或一些组合遗传标志,例如单倍体基因型的分布来建构系统发育。这种数据分析方法称为分子系统学。 使用BCFtools进行VCF文件处理时,可以考虑以下步骤: 1)使用bcftools merge命令将多个样本的VCF文件合并成一个总体VCF文件。 2)使用bcftools view命令执行过滤,例如基因型和质量过滤,以减少噪音和杂质信号。 3)使用bcftools stats命令生成统计信息,例如变异密度、每个样本的基因型频率和分布的质量值等。 4)使用vcftools或其他变异注释工具添加有关变异和功能信息,例如GenBank注释、GO注释、KEGG通路注释等。 5)使用获得的信息对变异进行系统发育推断,以判断样本之间的亲缘关系、进化史和分化历史。常见的分化历史分析方法包括最大简约、相似度矩阵分析、邻接成对绘制等分子系统学方法。 综上所述,BCFtools是一种有用的工具集,可以处理VCF文件和构建系统发育,并帮助科学家了解样本之间的遗传相似性和进化历史。

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