lammps计算聚合物例子_怎么在分子动力学模拟中计算弹性常数

最新推荐文章于 2024-04-18 10:09:52 发布

知乎树洞

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文章标签： lammps计算聚合物例子

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_29407885/article/details/112297055

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修改日志：文章在2019年12月23日首发，于2020年6月23日进行了修改并添加了算例。在原稿中，我对于LAMMPS给出的计算弹性常数的例子的理解是错误的，一并进行了修改。修改字体用加粗表示，并在“注：”进行了标记，相应的原文一并贴出。

在LAMMPS MANNUAL中对于怎么计算弹性常数有一个HOW TO章节的探讨，参照：

8.4.4. Calculate elastic constantslammps.sandia.gov

这一节非常短，但是写得很精彩有很多启发，我之前也看到，今天重新看了，感觉有的地方是有一些瑕疵的，也许只是我的理解，在这里记录一下，希望可以与其他人一起讨论，主要有三种方法：

不考虑温度效应，也就是在0K下计算弹性常数，可以用change_box然后直接计算应力张量的变化，而且LAMMPS给出了算例，在路径：examples/elastic中；

考虑温度的影响，在“HOW TO”中说可以在NVT系综中统计小变形下的平均应力张量的变化得到弹性常数，但是这种方法存在一个问题，那就是你不能施加周期性边界条件，否则模拟系统在NVT系综中体积不发生变化，就无法计算泊松比，没有泊松比效应，统计的弹性模量是失真的。我推荐的做法是采用NPT系综下的“fix deform”，同时把拉伸方向外的方向静水压设为0，这样系统在每一次迭代的时候会考虑泊松比效应，可以得到合理的弹性常数。注：该方法的例子在路径examples/elastic_T中。这种说法其实是错误的，因为LAMMPS虽然采用的是NVT&

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