利用lammps软件计算硅的平衡晶格常数和体弹模量

实验目的

1、学习Linux系统的指令

2、学习lammps脚本的形式和内容

实验原理

原子、离子或分子在三维空间做规则的排列,相同的部分具有直线周期平移的特点。为了描述晶体结构的周期性,人们提出了空间点阵的概念。为了说明点阵排列的规律和特点,可以在点阵中去除一个具有代表性的基本单元作为点阵的组成单元,称为晶胞。晶胞的大小一般是由晶格常数衡量的,它是表征晶体结构的一个重要基本参数。

在本次模拟实验中,给定Si集中典型立方晶体结构:fcc,bcc,sc,dc。根据

 

可判定dc结构是否能量最低,即是否最稳定

材料在弹性变形阶段,其应力和应变成正比例关系(即符合胡克定律),其比例系数称为弹性模量。弹性模量是描述物质弹性的一个物理量,是一个总称,包括杨氏模量、剪切模量、体积模量等。在弹性变形范围内,物体的体应力与相应体应变之比的绝对值称为体弹模量。表达式为

式中,P为体应力或物体受到的各向均匀的压强,为体积的相对变化。对于立方晶胞,总能量可以表示为,E为单个原子的结合能,M为单位晶胞内的原子数。晶胞体积可以表示为,那么压强P为

故体积模量可以表示为

 

根据实验第一部分算出的平衡晶格常数,以及能量与晶格间距的函数关系,可以求得对应晶格类型的体积模量。并与现有数据进行对比。

实验过程

(1)平衡晶格常数

将share文件夹中关于第一次实验的文件夹拷贝到本地,其中包含势函数文件和input文件。

$ cp -r share/md_1 .

$ cd md_1

$ cd 1_lattice

通过LAMMPS执行in.diamond文件,得到输出文件,包括体系能量和cfg文件,log文件。

$ lmp -i in.diamond

用gnuplot画图软件利用输出数据作图,得到晶格长度与体系能量的关系,能量最低处对应的晶格长度即是晶格常数。

Si为diamond晶格结构时晶格长度与体系能量关系图如图,

 

由图可得能量最小处对应取。

Si为fcc晶格结构时晶格长度与体系能量关系图如图,

 

改写后的sc、bcc脚本文件分别如图所示

 

 

Si为sc晶格结构时晶格长度与体系能量关系图如图,

 

Si为sc晶格结构时晶格长度与体系能量关系图如图,

 

(2)体弹模量

利用gnuplot的二次拟合功能,对上述步骤中得出的晶格常数与体系能量关系图进行二次拟合,

f(x)=a+b*x+c*x**2

fit f(x) ‘data’ via a,b,c

得到各晶格结构下的二次拟合函数表达式中的系数a,b,c,如图

 

Si在diamond结构下的拟合结果

 

Si在fcc结构下的拟合结果

 

Si在sc结构下的拟合结果

 

Si在bcc结构下的拟合结果

结果与分析

(1)平衡晶格常数

由实验过程中所得的各个关系图可知:

Si在diamond结构下,平衡晶格常数为5.43095×10-10m,对应能量约为-936.706eV;

Si在fcc结构下,平衡晶格常数为4.110-10m,对应能量约为-420eV;

Si在sc结构下,平衡晶格常数2.6110-10m,对应能量约为-109.65eV;

Si在bcc结构下,平衡晶格常数为3.24510-10m,对应能量约为-219eV;

从以上对比可得,Si能量为-936.706eV时为最小值,即对Si来说,diamond结构最稳定,且此时平衡晶格常数为5.43095×10-10m。

(2)体弹模量

由体弹模量计算公式得。由此公式计算得:

Si在diamond结构下,M=8,a0=5.43095,c=417.69,得B=10953.23684GPa;

Si在fcc结构下,M=4,a0=4.1,c=2122.6,得B=36865.36282GPa;

Si在sc结构下,M=1,a0=2.61,c=201.149,得B=1371.99203GPa;

Si在bcc结构下,M=2,a0=3.245,c=359.335,得B=3942.65733GPa;

实验结论

通过本次实验,我们在计算不同结构下的单晶硅的平衡晶格常数与其对应能量,发现单晶硅在diamond结构下最为稳定。在diamond结构下,单晶硅的平衡晶格常数为5.43095×10-10m,对应能量约为-936.706eV,体弹模量为10953.23684Gpa。在Si为diamond晶格结构时晶格长度与体系能量关系图中有一条首尾相连的直线,可能为在课余时间多次计算而产生的。在不同结构下体弹模量的误差较大,可能为拟合过程中产生的了一定的误差,应该尝试更高次数的拟合方程。

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LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一种基于分子动力学方法的模拟软件,可以模拟材料在不同温度、压力和应变条件下的行为。 要计算材料的体弹模量,需要进行以下步骤: 1. 准备原子结构:首先,需要创建所要研究的材料的原子结构模型。可以使用LAMMPS提供的原子类型、晶格参数和晶胞文件来生成初始原子结构。 2. 建立分子动力学模拟:通过定义总能势、紧束缚势、原子间相互作用等参数,设置分子动力学模拟的基本参数,如时间步长、温度和压力控制方式。 3. 热平衡:对于分子动力学模拟系统,首先需要进行热平衡,使其达到稳定的温度。可以通过设定初始温度,并在分子动力学模拟过程中实施温度控制算法,如NVT、NVE或NPT。 4. 应力-应变关系:随后,通过应变的方法来计算材料的体弹模量。可以通过对模拟系统应用不同的外部应变,并计算其中的应力变化来获得应力-应变关系曲线。 5. 弹性模量计算:根据得到的应力-应变关系曲线,可以通过线性回归拟合计算材料的体弹模量体弹模量即为应力-应变关系曲线的斜率。 在LAMMPS中,可以使用compute stress/atom命令计算原子的应力,使用fix deform命令施加不同的外部应变,利用fix ave/time命令对得到的应力进行时间平均和空间平均,然后通过计算斜率得到体弹模量。 综上所述,要在LAMMPS计算体弹模量,需要先进行力场参数的设置和模拟系统的建立,然后通过施加应变、计算应力和拟合应力-应变关系曲线来得到目标材料的体弹模量
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