blast java_Blast在windows下的使用过程

最新推荐文章于 2024-09-06 23:48:03 发布

老徐说

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文章标签： blast java

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_30213477/article/details/114664962

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2.1在c盘下建立三个包

移动到blast有bin的包下，输入blastn -version来看是否安装成功

2.2创建db

这个最后一个出问题了，它提示我File nr does not exist，然而我的nr文件是存在的。后来发现nr必须有文件后缀。(nr.fasta是要建成数据库的文件)

(建库命令:makeblastdb -in nr.fasta -dbtype prot -title "nr" -out NR)

2.3建好库后测试

到这一步基本上在win下已经能够正常的调用blast来运行代码了。这些处理结果和输入参数看不明白，也不用看明白。

到这一步其实是有问题的，正常的话应该输出一个txt文件来显示结果。我又将两个比对文件放在ncbi的官网上试着比对了一下，发现这两个文件有问题，没法比对成功。

没办法只好再去找两个fasta的文件

方法：

将序列复制到文本中，将扩展名改为fasta类型。

如果只是测试软件能不能用，建议将得到的fasta文件建库，然后再用这个fasta文件与数据库对比。测试比较快。

三、使用blast

1.建库命令makeblastdb -in nr.fasta -dbtype prot -title "nr" -out NR

-in 建库的fasta文件

-dbtype 数据库类型 (-prot 蛋白质类型 -nucl 核苷酸类型)

-out 数据库名

2.查询

查询需要cd到要查询的fasta文件的路径下，调用查询命令blastp -query test2.fasta -db C:\Blast\db\test2.fasta -outfmt 6 -out "C:\Blast\test.blastp@iedb.txt" -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 8

-out "C:\Blast\test.blastp@iedb.txt" 输出类型可以添加路径名

输出txt文件的内容以-outfmt的类型为准，具体参数含义在模块四中

-outfmt 6 输出的txt文件中的各个信息为

四、常用的blast命令

二、格式化数据库

基本运行指令

formatdb -i DBfile1 -p (T/F) -o (T/F)

-i：输入需要格式化序列库的绝对路径，序列库一般一般使用的是fasta文件。

-o [T/F]：判断是否分析序列名并建立序列名索引。“T”表示建立序列名索引，“F” 表示不建立序列名索引。默认值为F。

-p [T/F]：选择建库的类型，“T”表示建立的是蛋白质数据库，“F”表示建立的是核酸数据库，缺省值为T。

java代码

Process process = Runtime.getRuntime.eexec("formatdb -i DBFile -p T -o T");

process.waitFor(); //等待命令执行结束，获取执行结果

程序运行结束后，如果建立的是核酸库，-o为F时，会输出**.nhr，**.nin，**.nsp文件，-o为T时，还会多输出**.hsd，**.nsi，**.nni和**.nnd文件。类似的，当建立的是蛋白质也会输出相应的文件：[-o F]--**.phr，**.pin，**.psq；[-o T]--**.psd，**.psi，**.pni，**.pnd。

三、在数据库中查询相应序列并返回结果

1.基本运行指令：

blastp -query test2.fasta -db C:\\Blast\\db\\test2.fasta -outfmt 6 -out \"C:\\Blast\\testblastp@iedb.txt\"

(文件名字最好加路径，否则得到的txt文件是在java项目的文件下方)

-evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 8

2.blast主程序blastall

程序的输入文件是query序列(-i参数)库文件(-d)

选择(-p)和输出文件(-o)有用户绝定

-p有五种取值：百度查找

3.-e参数

筛选适当的比对结果,指定一个参数，选出比这个参数大的期望值

4. -F (T/F)参数

用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。

T：程序在比对过程中会屏蔽掉query中的简单重复和低复杂度序列

F：不会屏蔽

缺省值(默认值)为“T”。

5.-m参数

设定输出格式，供选择为0~11之间的整数。默认0.

6.-v,-b参数

-v 默认值500，规定输出中的每一个query的比对列表最多显示subject的个数

-b 默认250，规定输出中每个query最多显示与多少subject的比对条形图

7. -T 参数

用于决定是否输出html格式的比对结果。

9.-W参数

指定坐比对的字的长度。

四、java程序中调用blast

java调用命令行代码

唯一一个小点是需要多行调用命令行命令

在命令行中，如果调用多条命令，在两个命令之间加上&

如

但是在java中，需要有cmd /c (执行完命令行后关闭命令框)，cmd /k(执行完命令行后不关闭命令框)

import java.io.BufferedReader;

import java.io.InputStream;

import java.io.InputStreamReader;

public class blast {

public static void main(String[] args) {

Runtime run = Runtime.getRuntime();

try {

Process process = run.exec("cmd /k C: && cd C:\\Blast && blastp -query test2.fasta -db C:\\Blast\\db\\test2.fasta -outfmt 5 -out \"C:\\Blast\\test.blastp@iedb.xml\" -evalue 0.00001 -max_target_seqs 5 -num_threads 8 " );

InputStream input = process.getInputStream();

BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(input));

String szline;

while ((szline = reader.readLine())!= null) {

System.out.println(szline);

}

reader.close();

process.waitFor();

process.destroy();

} catch (Exception e) {

e.printStackTrace();

}