对测序返还结果进行处理，并进行批量blast

最新推荐文章于 2024-08-28 08:36:03 发布

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文章标签： python 数据库 java

原文链接：http://www.cnblogs.com/psycho-bio-sgd/p/8005489.html

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本文介绍了如何搭建blast+本地环境，整理测序数据并使用cmd的for in循环进行批量blast比对，以及利用python自动处理比对结果，剔除未比对上的文件。在实验过程中，还探讨了可能的批量化处理工具ncbiwww。

摘要由CSDN通过智能技术生成

因为实验室用的seqHunter年代太老了，而且最近需要进行很多扩增，测序，所以考虑搭建一个简单的批量化处理流程。

在ncbi网站上下载blast+（好像blast+的运行需要JAVA环境）
安装
- 新建db文件夹作为数据库文件夹
- input和output作为输入输出文件夹
添加环境变量
- 变量名：BLASTDB ，变量值：\path\ncbi\blast-2.7.1\db
- 变量名：Path，变量值：\path\ncbi\blast-2.7.1\bin
构建数据库
- 数据准备
  - ncbi上可以下载别人上传的
  - 也可以选择把自己的几条需要变成一个fasta文件，从而作为建库文件
- 格式化数据库(这里我假装有把我所有的481同源序列变成了一个fasta