对测序返还结果进行处理,并进行批量blast

引言

背景介绍

因为实验室用的seqHunter年代太老了,而且最近需要进行很多扩增,测序,所以考虑搭建一个简单的批量化处理流程。

软件

  • python
  • Windows下的cmd命令
  • ncbi的blast+

步骤

blast+的本地化搭建

  1. 在ncbi网站上下载blast+(好像blast+的运行需要JAVA环境)
  2. 安装
    • 新建db文件夹作为数据库文件夹
    • input和output作为输入输出文件夹
      1057688-20171208153843734-1760748063.png
  3. 添加环境变量
    • 变量名:BLASTDB ,变量值:\path\ncbi\blast-2.7.1\db
    • 变量名:Path, 变量值:\path\ncbi\blast-2.7.1\bin
  4. 构建数据库
    • 数据准备
      • ncbi上可以下载别人上传的
      • 也可以选择把自己的几条需要变成一个fasta文件,从而作为建库文件
    • 格式化数据库(这里我假装有把我所有的4
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