autodock在linux下安装使用笔记

一．首先安装MGLtools，autogrid4,和autodock4

1）安装MGLtools：

在www.mgltools.scripps.edu/downloads下载mgltools_Linux-x86_1.5.6_Install（这个是32位的，mgltools_Linux-x86_64_1.5.6_Install则是64位的）

双击mgltools_Linux-x86_1.5.6_Install弹出如下窗口

 

然后按照提示下一步即可（如果在32位linux系统中双击64位版本则无任何反应）。

安装完MGLtools后还需要配置环境变量。

命令行输入vim ~/.bashrc，在文件末尾处输入语句

export PATH=$PATH:/home/wb/MGLTools-1.5.6/bin，然后保存退出后执行source ~/.bashrc，然后echo $PATH观察是否添加成功。（具体执行细节见下）

接下来就可以在命令行中输入adt进入AutoDockTools界面了，如下

 

这里报错了。

原因是缺少python的PIL库。PIL是python理想的图片处理module。下面安装PIL

（1）       首先安装zlib。如下网址下载zlib
 http://sourceforge.net/projects/libpng/files/zlib/1.2.5/zlib-1.2.5.tar.gz/download?use_mirror=superb-dca2

解压tar zxvf zlib-1.2.5.tar.gz，然后cd zlib-1.2.5，执行./configure --prefix=/usr/local（需要root权限），然后make && make install即可。

（2）       接下来安装png（libpng）。下载libpng-1.6.2.tar.gz

解压tar zxvf libpng-1.6.2.tar.gz，然后cd libpng-1.6.2，执行./configure --prefix=/usr/local（需要root权限），然后make && make install即可。

（3）       安装freetype，下载freetype-2.4.12.tar.gz

解压tar zxvf freetype-2.4.12.tar.gz，然后cd freetype-2.4.12，执行./configure --prefix=/usr/local（需要root权限），然后make && make install即可。

（4）       安装jpeg，在http://www.ijg.org/files/jpegsrc.v8c.tar.gz 下载jpegsrc.v8c.tar.gz

解压tar zxvf jpegsrc.v8c.tar.gz，然后cd jpeg-8c，执行./configure --prefix=/usr/local（需要root权限），然后make && make install即可

（5）       下面再来安装所需要的devel库

依次apt-get install libjpeg8-dev，apt-get install libpng12-dev，apt-get install libfreetype6-dev，apt-get install zlib1g-dev（zlib说已是最新版本）

（6）       下面安装PIL（Python Imaging Library）

http://effbot.org/downloads下载Imaging-1.1.7.tar.gz，然后tar zxvf Imaging-1.1.7.tar.gz，然后cd Imaging-1.1.7，输入命令vim setup.py，修改setup.py中的JPEG_ROOT，ZLIB_ROOT，FREETYPE_ROOT

 

保存退出后检查是否支持，命令如下

 

结果报错，解决方法是安装python-dev，直接apt-get install python-dev然后再次执行上述命令。出现如下即可

        

验证通过后（即出现上面界面后）安装PIL，输入命令python setup.py build，然后python setup.py install。

再次执行adt还是上述错误。经过一番查找后终于发现问题，原因是应该使用MGLtools中的python来安装_imaging。命令cd Imaging-1.1.7，如上修改setup.py，验证和安装，在安装的最后一步把python setup.py install改成使用MGLtools中的python，如在Imging-1.1.17文件夹下使用../../MGLTools/bin/python setup.py install。

 

再次输入adt终于ok。到此MGLTools安装完成。

补充说明：

（1）       也可以下载mgltools_i86Linux2_1.5.6.tar.gz（32位）

或mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz（64位），但安装时很多问题，只好采用上述ELF的打包安装方式（类似win下的exe文件）

（2）       查看linux系统和文件是32位还是64位的方法

查看文件的方法：file filename

 

或者readelf命令，可以查看到更详细的信息

 

查看linux系统位数有三种方法：uname，file和getconf

 

（3）       linux下与环境变量有关的几个文件

/etc/profile文件：在登录时,操作系统定制用户环境时使用的第一个文件,此文件为系统的每个用户设置环境信息,当用户第一次登录时,该文件被执行. 通过设置这个文件，超级用户可以为全系统内的所有bash用户建立默认特征。不同 Linux版本在此文件放置的命令不尽相同

3个文件（/etc/profile.d，$HOME/.bash_profile，$HOME/.bash_login）具备相同的功能---提供特定于用户的启动文件。大多数Linux版本只使用其中之一，如ubuntu使用/etc/environment代替。

/etc/environment:在登录时操作系统使用的第二个文件,系统在读取你自己的profile前,设置环境文件的环境变量

~/.profile:在登录时用到的第三个文件是.profile文件,每个用户都可使用该文件输入专用于自己使用的shell信息,当用户登录时,该文件仅仅执行一次!默认情况下,他设置一些环境变量,执行用户的.bashrc文件.

/etc/bashrc:为每一个运行bash shell的用户执行此文件.当bash shell被打开时,该文件被读取

~/.bashrc:该文件包含专用于你的bash shell的bash信息,当登录时以及每次打开新的shell时,该该文件被读取

几者关系如下图：

所谓登录shell,指的是当用户登录系统时所取的那个shell。登录shell属于交互式shell。如果启动了一个bash shell而没有等录系统（如在CLI提示符中键入bash）,则启动了一个交互式非登录shell.

 

通常设置环境变量有3种方法：

一．临时设置：在命令行中输入命令

export PATH=$PATH:/home/wb/MGLTools-1.5.6/bin

二．当前用户的全局设置：命令行中输入命令 vim ~/.bashrc（若不存在，则新建一个），在文件的末尾添加行export PATH=$PATH:/home/wb/MGLTools-1.5.6/bin

 

如果需要新建一个新的环境变量，则如下设置：

 

保存退出后执行source ~/.bashrc即可。

使用echo $PATH命令查看PATH环境是否添加成功

 

 

如果发现环境变量设置的不对，如发现VSTROOT变量多了个冒号，修改bashrc后发现有两个路径了，可以如下操作

 

三．所有用户的全局设置：命令行输入vim /etc/profile

同样在文件尾添加export PATH=$PATH:/home/wb/MGLTools-1.5.6/bin，保存退出，执行source /etc/profile，然后echo $PATH观察是否添加成功。

2）安装autogrid4,和autodock4

下载autodocksuite-4.2.3-i86Linux2.tar.gz（同样32位版本），解压，将两个文件复制到/ust/bin下即可。

 

二．下面按照UsingAutoDock4forVirtualScreening_v4.pdf操作。依次运行下面命令

 

然后配置环境变量，结果setenv命令报错，安装tcsh

 

继续…结果cvs报错

 

         安装cvs，使用apt-get install cvs，重新按如下操作

        

接下来就是等待下载文件到tutorial文件夹下，全部文件大概十几M，由于速度太慢等了好半天，其实也直接找到原文件解压放到tutorial下。

三．下面执行VSTutorial中的第一个脚本ex00.csh，如下

 

四．exercise one

首先将MGLTools整个文件夹复制到tutorial/VSTutorial下。如下

 

由于每次都需要进tcsh先设置VSTROOT变量，所以采用将VSTROOT放到环境变量（这里可以放到bash的环境变量配置文件bashrc，也可以放到tcsh的变量配置文件cshrc中，默认是不存在的）开始时是将VSTROOT设置到bashrc然后如下操作的，结果报错找不到mkdir，cp等bash命令。

 

判断是tcsh没有这些命令的路径，所以最终将VSTROOT（因为只有tcsh中才需要VSTROOT变量，没必要放到bashrc中）和PATH变量一起添加到tcsh的配置中。首先vi ~/.cshrc新建tcsh的配置文件，然后添加如下两句话，如下

 

然后保存退出后需要进入tcsh后执行source ~/.cshrc，如下

 

再次执行source $VSTROOT/scripts/ex01.csh。

 

检查结果是否正确：进入VSTutorial/VirtualScreening/Ligands文件夹，里面应该有116个文件，同时VSTutorial/VirtualScreening/etc应该有个ligand.list文件，记录着这116文件名。

五．exercise two

下面执行ex02.csh，结果说找不到pythonsh

 

又是路径的问题…将pythonsh的路径添加到tcsh的环境变量中，如下

 

然后再次执行ok

 

转载于:https://www.cnblogs.com/abc123456789/p/3434027.html