Autodock是一款开源的分子模拟软件,由Scripps研究所的Olson试验室开发与维护,最主要应用于小分子-蛋白对接。目前最新版本为AutoDock 4.2。Vina是autodock的更新版,其速度和精度都优于autodock,目前最新版本是1.1.2。
无需多言,autodock/autodock-vina是全球范围内使用人数最多、引用率最高的分子对接软件,是研究酶-底物、靶点-小分子等相互作用体系不可缺少的工具!
#############################视频内容##############################
本分子对接视频教程长达数个小时(mkv/avi高清格式),由国内985高校一线教师亲身全中文讲解。视频教程从理论到实战,由浅入深,涵盖了autodock/vina几乎所有内容,主要由以下几个方面组成:
1. 分子对接的基本理论与算法;
2. Windows环境下分子对接软件的安装、配置(同时适用于win7和win10);
3. 实战演练a:详细讲解在Windows环境下分别用autodock和vina两款软件进行对接操作、结果分析;
4. 实战演练b:刚性对接,半柔性对接,全柔性对接;
5. 实战演练c:通过blind docking寻觅小分子可能的结合位点;
6. 虚拟挑选:虚拟机的安装
7. 虚拟挑选:Ubuntu的安装
8. 虚拟挑选:linux环境下分子对接软件的安装
9. 虚拟挑选:linux环境下autodocktool工具的安装
10.虚拟挑选:对接参数文件的批量准备
11.虚拟挑选:vina进行批量对接
12. 虚拟挑选:编写python脚本,进行数据提取
13.vina对接进阶分析1:对接结果预解决
14.vina对接进阶分析2:ligplot进行初步分析
15.vina对接进阶分析3:pymol进行分析
16.vina对接进阶分析4:ds进行分析
通过该视频教程的学习,零基础客户完全可以掌握以下技能:绘制小分子结构并进行结构优化;准备大分子(蛋白)受体;独立进行分子对接操作、分析对接结果;并且完全有能力利用分子对接利器进行课题研究,发表SCI文章!
###############################重磅福利###########################
1.赠送长达40分钟的Pymol视频教程(全高清中文讲解),教你如何绘制漂亮的受体-配体相互作用图;
2. 对接过程中所有涉及的结构文件、参数文件、软件均打包赠送!所赠送的软件包括(但不限于):autodock4.2,autodock-vina1.1.2,pymol1.8,等等。
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我们郑重承诺:客户在视频学习过程中,我们无限期、免费答疑,指导你的操作。直到帮你学会、学懂、学精通!这也是我们的价值表现与核心竞争力。
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