bowtie1和bowtie2的比较

最新推荐文章于 2024-04-15 09:38:28 发布
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原文链接：http://www.cnblogs.com/daimakun/p/5145862.html
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1.对于长度大于50bp的reads，bowtie2更精确；而小于50bp的reads，bowtie1更精确更快速

2.bowtie2支持的reads长度没有上限，当然reads长度在50~1000bp为宜；而bowtie1支持reads长度最长约为1000bp

3.bowtie2的对比支持gap，而bowtie1不支持

4.bowtie2可以支持局部比对，而bowtie1不支持

5.bowtie2的对比支持在参考序列中有N，而bowtie1不支持

转载于:https://www.cnblogs.com/daimakun/p/5145862.html

weixin_30429201
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（3）sam文件：是一种用于存储测序数据的比对结果的常用的文本格式，通常包含了测序数据中每个读取序列的比对位置、比对质量、序列标识等信息；（1）samtools工具是一个用于处理sam和bam格式文件的工具集，可以对测序数据进行处理、分析和转换，如格式转换、排序和索引、对比文件处理、统计信息和比对操作等；（1）排序后的BAM文件按照染色体的编号和起始位置进行排序，可以方便的进行基因组序列的比对分析、注释等操作；（2）该命令中，mm10.fa为参考基因文件，mm10是索引文件前缀；命令中表示用6个线程分析；
Bowtie2数据比对教程
BioinfoDu
01-09 2265
Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件，bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对，生产SAM文件。在做转录组数据分析前，会过RNA-seq数据中的tRNA等序列，常常使用bowtie2进行过滤。网址：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；若我们的分享对你有用，希望您可以。若我们的分享对你有用，希望您可以。
BoWTie（1）
菜鸟的专栏
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Input：参考基因组和read数据。 Output：比对的结果。 基本思想：1.建立索引。(基于BWT)                2.匹配。（精确匹配和非精确匹配）。 BWT的一些属性：BWT转换。 acaacg$为原始串。将串旋转得到7个新的字符串。再将其按照字典顺序排序，保存最后一列。其实如果只看每一行$符号的前边，这其实本质上是一个后缀数组。
bowtie2-master
03-16
"bowtie2-master.zip"文件包含了bowtie2的源代码和相关文档，用户可以对其进行编译和自定义配置。 五、案例应用 bowtie2广泛应用于基因表达分析、单细胞测序、表观遗传学研究等多个领域。例如，在RNA-seq分析中，...
bowtie简介
09-10
例如，如果指定为`example`，则实际输出的文件将包括`example.1.ebwt`, `example.2.ebwt`, `example.rev.1.ebwt`, 和`example.rev.2.ebwt`等。 #### 三、选项参数详解 接下来，我们将详细介绍Bowtie构建索引时可以...
bowtie2-2.1.0-linux-x86_64.zip
01-05
RNA-seq分析软件,Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类基因组上。Bowtie对参考基因组编纂Burrows-Wheeler索引来...
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hac_kill_you的博客
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bowtie2 是bowtie的升级版，index不能混用。具体不同点，请参考这里。 1. 建立索引 bowtie2-build -f hg38.fa--threads 4 ./bowtie2_index/hg38 # -f 可以省略，默认是fasta格式 # --threads 线程数 注：时间很长，macbook（i5，16G）上运行四个多小时。生成.bt2结尾的六个文件，某些基因组的index文件可以从这里下载。 2. 比对单端（single end，PE）测序数据 用法：bowt...
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Bowtie2 如何使用
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Bowtie2是一个用于快速、内存高效地将短读序列与哺乳动物大小的基因组进行比对的工具。它使用的是基于FM-index的索引结构，能够有效地处理长度为20-200个碱基的DNA序列。Bowtie2支持单端和双端的比对，以及局部和全局的比对模式。 使用Bowtie2进行比对的基本步骤如下： 1. 首先，需要有一个基因组序列，并且需要构建一个索引文件，这是使用Bowtie2之前必须完成的一步。构建索引的命令格式如下： ``` bowtie2-build <reference_in> <bt2_index_base> ``` 其中 `<reference_in>` 是基因组的FASTA格式文件，而 `<bt2_index_base>` 是输出的索引文件的前缀名。 2. 构建索引后，就可以使用Bowtie2将序列读取与索引的基因组进行比对了。比对的基本命令格式如下： ``` bowtie2 -U <reads> -S <output_sam_file> ``` 在这里，`<bt2_index_base>` 是之前构建索引时指定的文件前缀，`<reads>` 是包含测序读数的文件，通常为FASTQ格式。`<output_sam_file>` 是比对结果的输出文件，通常输出为SAM格式，但是Bowtie2也能输出BAM格式。 3. 为了优化比对过程，Bowtie2提供许多参数来自定义比对条件，例如，可以选择是否报告多于一个最佳的比对位置、允许的最大gap大小等。 4. 比对完成后，通常需要将SAM格式的文件转换为更为紧凑的BAM格式，并进行排序。这可以通过Samtools来完成： ``` samtools view -Sb <output_sam_file> > <output_bam_file> samtools sort <output_bam_file> -o <sorted_output_bam_file> ``` 以上就是使用Bowtie2进行基因组序列比对的基本步骤。需要注意的是，具体使用时可能需要根据数据和研究目的调整参数，以获得最佳的比对结果。
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