bowtie和bwa比对，reads mapping contig

方法1

bowtie 和samtools结合，通过reads比对到contig上， 然后得到bam文件，可以用于后续的分析

1. bowtie2 建索引

bowtie2-build --threads 60 final_assembly.fa assembly_conitg
# final_assembly.fa  宏基因组组装的contig结果
# assembly_contig    生成的索引文件的前缀

结果如下：

2. bowtie2 比对

bowtie2 --threads 60 -x assembly_contig -1 ERR4333927_1.fastq -2 ERR4333927_2.fastq | samtools sort --threads 60 -o sample.sort.bam
# -x ： 索引文件的前缀
# -1 和-2 是宏基因组的前后端数据，
# -o ： 生成的bam文件

方法2

# 构建索引
bwa index contigs.fa 
# 短序列mapping
bwa mem -t 60 -M contigs.fa strain_trim1.fastq strain_trim2.fastq > bwa.sam
#sam 转为bam
samtools view -@ 60 -bS bwa.sam > bwa.bam
#bam结果排序
samtools sort -@ 60 bwa.bam > bwa.sort.bam