这是mdp文件系列的第二篇,介绍nvt平衡中要使用的mdp文件。
先上代码,nvt.mdp
1 title = OPLS Lysozyme NVT equilibration 2 define = -DPOSRES 3 ; Run parameters 4 integrator = md
5 nsteps = 50000
6 dt = 0.002
7 ; Output control 8 nstxout = 500
9 nstvout = 500
10 nstenergy = 500
11 nstlog = 500
12 ; Bond parameters 13 continuation = no 14 constraint_algorithm = lincs