生信常用脚本

最新推荐文章于 2022-08-17 23:34:08 发布

weixin_30674525

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原文链接：http://www.cnblogs.com/zhengzh/p/9683677.html

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1.用自己的gtf文件构建txdb数据结构，用于下游分析(The TxDb class is a container for storing transcript annotations)

library(GenomicFeatures)
#gtf、gff  to txdb
makeTxDbFromGFF()
#other way
makeTxDbFromGRanges
makeTxDbFromUCSC
makeTxDbFromBiomart
makeTxDbFromEnsembl
####ref(http://lutgw1.lunet.edu/usr/lib64/R/library/GenomicFeatures/html/TxDb-class.html)

2.提取transcripts、exons、genes、promoters and so on

library(GenomicFeatures)
#x is A TxDb object.
transcripts(x, ...)
exons(x, ...)
genes(x, ...)
promoters(x, upstream=2000, downstream=200, ...)
###ref(http://lutgw1.lunet.edu/usr/lib64/R/library/GenomicFeatures/html/transcripts.html)

转载于:https://www.cnblogs.com/zhengzh/p/9683677.html