hisat2比对_RNA-seq流程(cutadapt-hisat2-htseq)

1、cutadapt去接头

#参考前文

https://zhuanlan.zhihu.com/p/232038797​zhuanlan.zhihu.com

2、hisat2建索引

cd /data2/xxx/data3/3hisat2
hisat2-build -p 

074d89c3c8a15200bdf640a0b6f9abcf.png
hisat2-build建索引结果
#-x 索引文件,第二步hisat2建立的索引文件前缀

d4a70347428189a971189ac004a43fc3.png
hisat2比对输出结果,sam文件
#使用samtools view 把sam转换为bam

22f36a54b166e7cd70b7755ce3a7a24e.png
bam文件结果,压缩比例7.4/1.7,大约4倍
#samtools sort 排序

597d9f69709e49df137a347d9b0c71a4.png
bam排序结果,文件相对未排序结果会变小

3、htseq-count计数

#-f 输入的比对结果文件格式

47d66397dfb720bac34ad5f1317b9250.png
htseq-count结果文件大小

9702c4c134457bb1c28ec0323a17a165.png
htseq-count结果文件部分内容
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