hisat2比对_RNA-seq流程（cutadapt-hisat2-htseq）

1、cutadapt去接头

#参考前文

https://zhuanlan.zhihu.com/p/232038797​zhuanlan.zhihu.com

2、hisat2建索引

cd /data2/xxx/data3/3hisat2
hisat2-build -p 

hisat2-build建索引结果

#-x 索引文件，第二步hisat2建立的索引文件前缀

hisat2比对输出结果，sam文件

#使用samtools view 把sam转换为bam

bam文件结果，压缩比例7.4/1.7，大约4倍

#samtools sort 排序

bam排序结果，文件相对未排序结果会变小

3、htseq-count计数

#-f 输入的比对结果文件格式

htseq-count结果文件大小

htseq-count结果文件部分内容