LOD值 LOD score

LOD值 LOD score　　

定义：

确定两个基因座是否在染色体上距离很近，因此可能一起遗传的统计学评估。三个或更多的LOD评价通常显示了两个基因座的位置很紧密。　　      

详解：

遗传学上通常用或然率的常用对数作为标准的衡量方法，该值的对数值称为Lod值或对数优势比：根据两个非此即彼的假设，计算数据的整体或然性，以确定两个基因座或是按一定的重组率而相互连锁的可能性或是互不连锁的可能性；这两种可能性之比，是基因座实际上为连锁的可能性；这个比率的10作底的对数就是对数优势比。为了确定两对基因之间是否存在连锁，一般要求或然比大于1000：1，即Lod>3；而要否定连锁存在，则要求或然小于100：1，即Lod<2。　　                

通常判定连锁关系是以Lod值大小为依据。Lod值为0，意味着连锁假设与不连锁假设的可能性相等；Lod值为正值，有利于连锁；Lod值为负值，表示有一定重组率的连锁。显著的域值是＋3和－2。Lod＝＋3时，连锁的概率为95％。

当Lod>1时,表示存在连锁;
Lod>3时,表示肯定连锁;
Lod<-2时,表示否定连锁.

http://www.ag.ndsu.nodak.edu/plantsci/adv_genetics/genetics/lod/lod02.htm
http://www.nature.com/scitable/definition/lod-score-logarithm-of-odds-152
http://hi.baidu.com/nacoo2000/blog/item/f9e945f83666544a242df22c.html

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