linux压缩为fastq.gz文件,科学网—压缩解压工具gzip、pigz、gtz大比较 - 刘永鑫的博文...

软件测试于Ubuntu 16.04LTS

ubuntu环境下默认~/bin为个人环境变量目录

比较Linux系统自带gzip工具、多线gz压缩工具pigz、以及最新适合fastq压缩又快又小的软件GTX(自称只有传统gzip的1/6体积，实测单线程速度快了3倍，体积减少为gzip的2/3大小)

软件下载和安装

gzip系统默认，无须安装

pigz多线程压缩工具，可通过Ubuntu系统自带的新立德工具箱一键安装sudo apt-get install pigz

GTX压缩工具，由于是新算法，压缩格式不是gz，而是gtz格式# 下载软件

wget http://gtz.io/gtz_public_0.2.2k_ubuntu_release.tgz

# 解压

tar zxvf gtz_public_0.2.2k_ubuntu_release.tgz

# 进入程序目录

cd gtz_public_0.2.2k_ubuntu_release/

# 显示帮助

./gtz -h

# 添加环境变量，一定要软链，否则程序无法运行

ln -s `pwd`/gtz ~/bin/

软件测试

使用BGISeq500产生的PE100测序文件的一端作为测试。7.8GB，比较典型的测序样品大小。

压缩

不支持多线程的gziptime gzip -c test.fq > test.fq.gz

多线程压缩pigz# 注意-p一定要写下前面，后面无效

time pigz -k -p 32 test.fq

time pigz -k -p 8 test.fq