linux如何打开fastq文件内容,fastq 文件处理

2021/03/22

这是一个小任务

读取某个目录下的文件

import os

aim_dir = '/home/user/fastq_dir/'

fastq_files = os.listdir(aim_dir)

print(fastq_files)

结果是一个列表，包括此目录下所有的文件的全称 及 文件扩展名(.txt,.fasta,.gz等)

for fastq_file in fastq_files:

print(fastq_file)

循环输出每一个文件名

若文件名格式一致，如为 sample_name.fastq.gz ,可使用 正则表达式 获取想要的信息

若目标目录 下不是文件而是文件夹，可循环上一步获取所需要文件夹内的内容

# 例如 文件范例为 /home/user/fastq_dir/sample_name/sample_name.fastq.gz

samples = os.listdir(aim_dir)

for sample in samples:

fastq_path = f'aim_dir{sample}/{sample}.fastq.gz'

随后可以处理 fastq.gz 文件

f'{sample}'可以填入变量，是形成一段固定格式的字符串，与 '{0}'.format(sample) 相同，但更简略一点

在Linux中：查看 .gz 压缩文件

查看 .gz 压缩文件

在Linux中：

less -S *.gz | grep 'keyword' | less -