下载了一个TCR beta的序列,用fasterq-dump转换序列,这个比fastq-dump 稍微快一些,不过没有了压缩功能,所以为了占用少的硬盘空间,在解析后需要自己压缩成gz或bz2。但是神奇一幕发生了,我手动压缩成.gz格式后,用trimmomatic进行去接头,但是死活就是运行不下去,并出现如下报错:
trimmomatic PE -threads 2 -phred33 SRR4449813.sra_1.fq.gz SRR4449813.sra_2.fq.gz paired_1_R1_paired.fq.gz unpaired_1_R1_unpaired.fq.gz paired_1_R2_paired.fq.gz unpaired_1_R2_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/decen/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.38-1/share/trimmomatic-0.38-1/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
TrimmomaticPE: Started with arguments:
-threads 2 -phred33 SRR4449813.sra_1.fq.gz SRR4449813.sra_2.fq.gz paired_1_R1_paired.fq.gz unpaired_1_R1_unpaired.fq.gz paired_1_R2_paired.fq.gz unpaired_1_R2_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/home/decen/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.38-1/share/trimmomatic-0.38-1/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36
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