linux如何打开fastq文件内容,fastq 文件介绍

name

NT064_S43_L001_R1_001.fastq.gz

第一部分：样本名

第二部分：(和 illumina Experiment Manage 的编号一致)S1 .. S* 后面跟的数字与样本在Sample Sheet中的顺序一致，从1开始。不能分配到确定样本的read会归到S0(Undetermined_S0)

第三部分：泳道lane的编号

第四部分：R1表示read1，R2表示read2。R1和R2为paired end reads

第五部分：通常为001

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[xmxjy@xmxjy filter]$ less allhpv.fastq.gz | head

@TPNB500301:48:HHTKNAFXY:1:11101:11715:1039 1:N:0:TCCGGAGA+NGGATAGG

TGACGNTCTCAATATATGTGTGCTTTTTTGCATATTCATAATCTCCCTACTTTATTTTCTTTTATTTTTAATTGATACATAATCATTATACATATTTATGGGTTAAAGTGTAATGTTTTAATATGTGTAAACATATTGACCAAATCAGGGT

+

AA6AA#EEEEE6EEEEEEEEEEEEE6EEEAEEEAAEEEA/E6/EE/EE6EAAEAEEE6EAEEE6EEEEE/EEEEEAEE/EEEEEEAAEAEEEAEE

@TPNB500301:48:HHTKNAFXY:1:11101:14066:1039 1:N:0:TCCGGAGA