gwas snp 和_GWAS笔记SNP过滤

GWAS

学习笔记

SNP

过滤

1:

缺失比例(

Missing rates

)

：

( GENO> 0.05 )

Shortly we will apply more stringent criteria, such that GENO > 0.05.

In

this

case,

0.05*89

=

4.45

samples,

meaning

that

if

a

SNP

is

missing in 4.45 more more samples, that SNP will be removed from

the dataset.

不久将来，

我们将采用更严格的标准，

比如

GENO> 0.05

。

在这种

情况下，

0.05 * 89 = 4.45

样本，

这意味着如果

SNP

在

4.45

多个样

本中丢失，则

SNP

将从数据集中删除。

2:

最小等位基因频率(

Minor Allele frequencies

)

( MAF

如果

SNP

较多可以设置为

MAF<0.05)

MAF is the Minor Allele Frequency. It can be used to exclude SNPs

which are not informative because they show little variation in the

sample set being analyzed. For instance, if a SNP shows variation in

only 1 of the 89 individuals, it is not useful statistically and should

be removed.

MAF

是次要等级线频率。

它可以用于排除不信息的

SNP

，

因为它

们在被分析的样本集中几乎没有变化。例如，如果

SNP

仅显示

89

个个体中的

1

个，则在统计学上不是有用的，应该被去除。