用JAVA创建平方表_使用MuMIn r.squaredGLMM计算Poisson GLMM的R平方

于 2021-02-24 14:14:40 发布
阅读量348 收藏
点赞数
文章标签： 用JAVA创建平方表
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_31698627/article/details/114565616
版权
博主在使用R的glmer函数建立Poisson广义混合模型处理鸟类丰度数据时，遇到了使用MuMIn包的r.squaredGLMM计算R平方的问题。错误提示涉及观察级随机效应和不稳定的预期Beta估计。他们寻求解决手动添加观察项到模型中的方法，并更新了遇到的新警告。
摘要由CSDN通过智能技术生成

我使用在R包“lme4”中使用glmer的Poisson广义混合模型来为一种鸟类建模丰度 . 我的数据的一个例子：

abund point_id patch_area vis_per_year year

6 EL_03Plot035 244.69412 C_5 2003

0 RC_BBSM08 101.68909 C_2 2004

0 RP_211021_HSH088 1348.89935 C_3 2011

0 RC_LRSM04 111.74057 C_4 2008

0 RP_225155_p5 1.34007 C_3 2012

0 HO_YORUP105 141.66933 C_3 1998

1 RC_SPSM07 179.16088 C_2 2006

0 BH_MB12_bmh42 16937.30694 2002

1 RC_MOSM11 104.43196 C_4 2012

1 RC_YOSM06 141.66933 C_4 2010

0 RP_244006_HMD366 27778.83482 C_3 2012

0 RP_247155_p5 7688.64751 C_3 2012

0 EL_08Plot127 NA C_5 2008

2 HO_LITRR10 160.81729 C_4 1997

0 RC_BPSM07 38.23207 C_4 2009

0 HO_HARRIV5 10.46441 C_3 1999

1 RC_SPSM16 179.16088 C_4 2009

0 RC_YOSM01 141.66933 C_3 2002

0 RP_222799_HSH360 14.94866 C_3 2012

1 RC_WESM33 381.19813 C_2 2006

0 RP_20

最低0.47元/天 解锁文章
calo hopehely
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
R Squared学习笔记----衡量线性回归结果的最好的方法
qq_37610062的博客
09-08 2277
其他三种衡量线性回归法的指标：MSE 、RMSE 、MAE MSE 反应了真值 y 和 预测值 y 之间误差的平方；缺点是误差被平方了，MSE的量纲和实际误差不同；   RMSE 是对MSE开根 ，解决了MSE量纲太大的问题； MAE 反应了 真值 y 和预测值 y 差值的绝对值的均值 ； 问题： MSE、RMSE、MAE 都只能反应误差的实际大小，但是不能反应算法本身的准...
线性回归模型度量参数2- Multiple R R-Squared adjusted R-squared
neweastsun的专栏
02-01 1万+
本文解释线性回归模型的一些度量参数及其之间的关系，并通过示例说明其计算过程。 模型度量参数概述 当我们使用回归模型时，通常在输出包括一些度量拟合程度的参数。 Multiple R 多个变量之间多重相关性。 对于简单线性回归模型，表示预测变量与响应变量之间的相关性；对于多重线性回归模型，响应变量的观测值和预测值之间的相关性。其平方值为R-Squared。 R-Squared 也称为决定系数，它是衡量线性回归模型拟合数据集的程度，表示一定比例响应变量的方差能够被预测变量解释。R-Squared .
rsquared.glmm:广义线性混合效应模型的R平方
05-15
广义线性混合效应模型的R平方 此函数已被完全重写，并作为sem.model.fits包含在逐段sem.model.fits软件包中。 在此处查看更新： ： 描述： Schielzeth和Nakagawa的R2在R中用于广义线性混合效果模型的实现。此功能通过为GLMER合并不同的链接函数并返回其他有用信息（例如模型规格）和其他功能，对MuMIn包中的r.squaredGLMM函数进行了改进。符合AIC值形式的标准。 有关更多信息，请参见： Nakagawa, Shinichi, and Holger Schielzeth. "A general and simple method for obtaining R2 from generalized linear mixed‐effects models." Methods in Ecology and Evolution 4.2
基于R语言混合效应模型（mixed model）案例研究
大数据部落
12-27 1万+
原文http://tecdat.cn/?p=2596 混合模型适合需求吗？ 混合模型在很多方面与线性模型相似。它估计一个或多个解释变量对响应变量的影响。混合模型的输出将给出一个解释值列表，其效应值的估计值和置信区间，每个效应的p值以及模型拟合程度的至少一个度量。如果您有一个变量将您的数据样本描述为您可能收集的数据的子集，则应该使用混合模型而不是简单的线性模型。 什么概率分布最适合数据？ ......
R squared的几何解释以及和相关系数的关系
S_o_l_o_n的博客
12-16 1654
如图。对于X,Y，利用多维空间将随机变量向量化，直线l表示各个坐标相等的点集，h是Y到X和l组成的超平面的垂点，Ph和超平面正交。这里X表示自变量，Y为应变量，l自然就表示截距。左边两图分别表示有无截距地现行回归结果示意图，最右边是无回归下的示意图。 ...
White_etal_2015_ConsBiol:该存储库包含在Cocos Island上工作的代码和其他数据
05-26
脚本使用glmmadmb程序包使用广义的混合建模框架来评估趋势。 每个物种都需要一种量身定制的建模方法，以说明收集到的数据类型（计数与不存在数据）和计数数据的分布。 具有负二项式误差分布的GLMM用于记录计数数据...
FSSgam:使用GA（M）M进行全子集模型拟合的代码
05-10
需要：doSNOW，MuMIn，gamm4，mgcv，nnet最近使用R版本3.4.3测试 概括 全子集信息理论方法正成为一种越来越流行的工具，用于探索预测能力和变量重要性，其中正在考虑各种候选预测变量。 该存储库包含统计编程语言R...
Muminav-开源
04-24
Muminav最初是一个高度专业的软件组件。 它应该在名为Mumie的项目中使用（有关更多信息，请参见项目网站）。现在，它是一个小程序，用于显示各种可视图形： UML，流程图，E / R，家谱树
HPLC法测定金不换各部位中大黄酸、大黄素含量 (2012年)
05-11
1.1mumin,检测波长为436nm.结果：大黄酸在0.154-1.54mL、大黄素在0.412-2.06mL范围内其峰面积积分值与质量浓度之间呈良好的线性关系(r=0.9996和0.9999),平均回收率分别为100.2%,99.87%(n=6),RSD分别为1.47%,2.1%.该...
混合线性模型如何计算R2: marginal and conditional r squared values
邓飞----育种数据分析之放飞自我
05-12 6683
文献: Nakagawa S , Johnson P C D , Schielzeth H . The coefficient of determination R(2) and intra-class correlation coefficient from generalized linear mixed-effects models revisited and expanded.[J]. ...
idea报错Command line is too long
王者归来
03-06 434
报错内容: 17:02 Error running 'CoffeeApp': Command line is too long. Shorten command line for CoffeeApp or also for Application default configuration. 解决: 修改项目下 .idea\workspace.xml， 标签<componen...
munin安装
nirvana_blanks的专栏
11-18 141
背景介绍：       监控LINUX主机的性能是一个很复杂的操作，它有赖于命令行工具和集中数据。分析可能会很困 难，需要大量的数据来建立相互关系从而得出结论。好在我们可以用一些现有工具来搭建这个过程的模型，让数据分析变得相对容易一些。接下来我们能看到其中的 一个工具，它叫做Munin（代表记忆，是奥丁神的一只乌鸦的名字）。   　　Munin是通过客户端－服务器架构收集数据并将其图...
广义线性混合模型GLMM
热门推荐
FanJin的博客
03-09 7万+
广义线性混合模型GLMM（Generalized Linear Mixed Model），是广义线性模型GLM 和线性混淆模型LMM 的扩展形式，于二十世纪九十年代被提出。GLMM因其借鉴了混合模型的思想，其在处理纵向数据（重复测量资料）时，被认为具有独特的优势。GLMM不仅擅长处理重复测量资料，还可以用于任何层次结构的数据（因为本质上又是多水平模型）。 提到GLMM，有必要先介绍几个容易混淆的...
R语言：使用SMOTE出现错误
qq_35155649的博客
12-03 8104
错误1、“length of 'dimnames' [2] not equal to array extent” 我的原代码： balanceData &lt;- SMOTE(status~.,selecData,perc.over=500,perc.under=100) 错误原因是将tibble数据结构传入了DMwR::SMOTE()，使用as.data.frame（）将数据un-tib...
R语言缺失值处理
陈陈的专栏
03-24 3万+
缺失值1. is.na 确实值位置判断注意: 缺失值被认为是不可比较的，即便是与缺失值自身的比较。这意味着无法使用比较运算 符来检测缺失值是否存在。例如，逻辑测试myvar == NA的结果永远不会为TRUE。作为 替代，你只能使用处理缺失值的函数（如本节中所述的那些）来识别出R数据对象中的缺 失值。2. na.omit() 删除不完整观测3. knnImputation K近邻填补
Java一维数组实现求R^2的关系矩阵M^2
hudashuai的博客
04-14 1933
初衷  上离散数学课时，老师说这门课和数据结构，算法有很大的联系，建议我们用代码去实现一些定理来简化计算。如利用R的n次幂R^n的定义求R的各次幂，用关系矩阵来表示。作为一个编程爱好者，用代码去实现和简化数学问题，无疑是一件非常有趣的事情。况且矩阵在人口流动问题方面运用矩阵高次幂来预测未来的人口数，人口的发展趋势，以及在经济生活、密码学等方面都有非常巧妙的运用。所以多写写代码对将来的学习还是有好处...
R语言出现导入包不成功解决办法
qq_44208167的博客
04-04 1万+
R语言出现导入包不成功解决办法 R 【解决方案】 1.使用命令单独安装caret，安装的时间很长。 install.packages(“caret”, dependencies = c(“Depends”, “Suggests”)) 需要安装依赖的包全部安装之后，就可以了。依赖包如下： dependencies ‘doMC’, ‘rpvm’, ‘Rcompression’, ‘RMySQL’...
翻译辅助软件(CAT)OmegaT在Windows平台上的安装与使用
Hill227的博客
12-19 2521
OmegaT安装与使用OmegaT是什么？如何安装快速入门建立新项目翻译文件验证标签生成译文文件其他一些需要记住的东西 OmegaT是什么？ OmegaT是一款开源的计算机辅助翻译软件，既CAT软件。 可看此贴 如何安装 从SourceForge下载OmegaT 安装过程就是双击打开下载的EXE程序然后一直下一步。 安装完成后OmegaT的图标： 打开OmegaT软件后展示的界面： 快速入门 五分钟内学会使用 OmegaT！ 建立新项目 注：在 Apple Mac 上，要使用 Command
R语言做广义线性混合模型如何得到η2
最新发布
06-01
在广义线性混合模型中，η2代表的是固定效应解释的方差比例，可以通过计算模型的Marginal和条件R2来获得。 Marginal R2表示模型中所有的固定效应解释的方差占据了总方差的比例，而条件R2表示模型中固定效应和随机效应共同解释的方差占据了总方差的比例。 在R语言中，可以使用lme4包来拟合广义线性混合模型，并使用MuMIn包中的r.squaredGLMM函数来计算Marginal和条件R2。具体步骤如下： 1. 安装和加载lme4和MuMIn包 ```R install.packages("lme4") install.packages("MuMIn") library(lme4) library(MuMIn) ``` 2. 拟合广义线性混合模型 假设我们有一个响应变量y，一个自变量x和一个随机效应因子group，可以使用lmer函数来拟合广义线性混合模型： ```R model <- lmer(y ~ x + (1|group), data = mydata) ``` 3. 计算Marginal和条件R2 使用r.squaredGLMM函数来计算Marginal和条件R2： ```R r.squaredGLMM(model) ``` 该函数会返回一个列表，包含Marginal和条件R2的值。 需要注意的是，计算R2值需要考虑到模型的复杂度和拟合优度，因此不应该只根据R2值来选择模型或进行解释。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值