linux srr 乱码,批量下载SRR数据

直接看本文最下面下载脚本，区分SRR长度，下载fq

一、prefetch 下载

1.　打开NCBI数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)，在搜索框输入要查询的编号。

2.在搜索结果中勾选你感兴趣的样本，选择右上角Send to – File – Accession List， 点击Create File，下载SraAccList.txt 文件

3.下载安装最新版本SRA Toolkit。(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/#ui-ncbiinpagenav-heading-4 )

4.运行命令：**prefetch --option-file SraAccList.txt**

下载完成后，文件被存储在默认目录：**/home/usrname/ncbi/public/sra/**

cat SraAccList.txt

SraAccList.txt

### Step2：perfetch 数据下载和解压

# Step2.1 perfetch 下载

$ cat down.txt | while read id; do

echo $id;

( nohup prefetch $id --max-size 200G & );

done

# Step2.2 faster-dump解压

ls *.sra | while read id;

do

echo $id; ( nohup fasterq-dump -e 16 --split-files -O ./ $id & );

done

二、 Ascp 快速下载

软件下载：

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

sh aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh

添加环境变量：

vi ~/.bashrc

export PATH="/home/username/.aspera/connect/bin:$PATH" # usernam