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RSS订阅原创 win下载pymol
下载最新的windows版本64位的miniconda（conda设置清华镜像源安装python等快捷方便）自己找对应的python版本和pymol版本,按上述流程即可。注意找较新版本的，我当时没仔细找用18年的，一堆问题没解决。包括429（申请次数过多报错）404（网页找不到）等等。安装过程不再赘述，不会搜索“win安装conda”
2024-07-18 12:05:37
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原创 powershell无法激活conda环境
`deactivate.ps1` 和 `invoke_cmdscript.ps1`复制到 Anaconda\Scripts directory (Windows)原文链接： https://github.com/BCSharp/PSCondaEnvs。powershell安装好anaconda后“不显示(base)”更改脚本执行策略，管理员运行powershell。见PSCondaEnvs-master.zip。重新打开powershell窗口，激活环境。手动安装，将`activate.ps1。
2024-07-18 11:21:31
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原创 SRR下载
SRR文件下载，包括：下载工具（SRA toolkit）的下载安装（1、官网下载；2、conda下载）、screen的下载安装环境变量配置及应用、SRA toolkit的使用
2023-03-01 19:41:00
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原创 conda
清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/也可以打开清华大学镜像地址，https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/下载地址：https://conda.io/en/latest/miniconda.html。2、运行 . ~/.bashrc或者sourse ~/.bashrc。使用conda下载软件的镜像源，也可查看清华镜像站conda帮助。前面的base说明已经激活了conda环境的base。
2023-02-26 14:37:21
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原创 MultiQC整合多个质控结果
FastQC、Qualimap 和RSeQC等不少生信工具都可以给生成一个评估结果，但是几乎所有的质控工具都是针对生成MultiQC，基于Python的小工具能把多个质控结果整合，其强大的功能主要体现在以下三个方面：1）能将测序数据的多个QC结果整合成一个HTLM网页交互式报告，同时也能导出pdf文件；2）支持多种分析类型的质控结果查看，如：RNAseq、Whole-Genome Seq、Bisulfite Seq、Hi-C和MultiQC_NGI；
2022-10-24 10:37:03
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原创 Fastqc安装运行（jdk安装）
问题一:JDK包下载地址：前往Oracle官网下载JDK8的安装包。##需要账号，网上可以找到账号，但是下载速度慢，进不去。问题一：生效环境变量后仍然无法执行fastqc -h。问题四：创建好环境变量后仍然不能执行java。没有执行权限，chmod加x，可执行权限。生效环境变量时应加绝对路径（/下）再运行fastqc -h即可运行。三、fastqc评价测试数据质量。HUAWEI镜像：。
2022-10-15 16:19:20
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原创 R语言数据集取子集
从leadership数据框中选择变量q1, q2, q3, q4, q5，并将其保存到数据框newdata中方法1：直接取 数据集名称[,]
2022-10-11 21:18:11
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原创 安装Hisat2
首先进行预编译解压安装： 安装完成： 设置环境变量：第二，源码安装：hisat2下载网址：预编译安装同上，源码安装下载hisat2源码root权限下yum安装：暂时还未解决
2022-10-04 22:04:12
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原创 安装aspera和使用
MobaXterm_Personal的~/shares文件下有已经下载的aspera，解压至~/Biosofts/再运行 ibm-aspera-connect_4.0.2.38_linux.sh。
2022-10-04 16:47:49
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原创 下载Synechococcus elongatus UTEX 2973（accession no.为GCA_000817325.1 ）的基因组注释文件，统计其中染色体序列(CP006471.1)前10
参数选项解释说明-V排除匹配结果-n显示匹配行与行号-i不区分大小写-c只统计匹配行数-E使用egrep命令-o只输出匹配内容-w只输出过滤的单词-F不适用正则表达式-l列出包含匹配项的文件名-L列出不包含匹配项的文件名^ 用于模式最左侧，如 “^yu” 即匹配以yu开头的单词$ 用于模式最右侧，如 “yu$” 即匹配以yu结尾的单词^$ 组合符，表示空行。
2022-09-20 11:36:37
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空空如也
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