使用ascp 高速下载NCBI各种数据库中的数据

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分类专栏：生物信息文章标签：数据库

于 2022-03-09 12:04:06 首次发布

原文链接：https://www.omicsclass.com/article/1639

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ascp 高速下载NCBI各种数据库中的数据（SRA NR NT 分类数据库）
NR NT 数据库：

#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz
#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz
#wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2accession.py
#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gz
#wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz
#快速下载方法
/home/huguang/.aspera/connect/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz ./
/home/huguang/.aspera/connect/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz ./
/home/huguang/.aspera/connect/bin/ascp -v -k 1 -T -l 400m -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./

sra数据库可以利用ascp ENA网站搜索下载：
ENA主页ENA
搜索SRR号，SRR9169172

命令：

/home/huguang/.aspera/connect/bin/ascp   -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR916/002/SRR9169172/SRR9169172.fastq.gz  ./

参数说明:
-v verbose mode 唠叨模式，能让你实时知道程序在干啥，方便查错。
-T 取消加密，否则有时候数据下载不了
-i 提供私钥文件的地址，免密从SRA和ENA下载，不能少，地址一般是~/.aspera/connect/etc中的asperaweb_id_dsa.openssh文件
-l 设置最大传输速度，一般200m到500m，如果不设置，反而速度会比较低，可能有个较低的默认值
-k 断点续传，一般设置为值1
-Q 用于自适应流量控制，磁盘限制所需
-P 用于SSH身份验证的TCP端口，一般是33001