linux 基因组数据下载,phytozome植物基因组下载网站

Phytozome 作为专门收录植物基因组的网站，在基因组数据的下载、查询、可视化浏览等方面做的也很不错，也是一个不错的基因组数据下载数据库。

今天主要介绍一下该网站基因组如何下载，如何通过blast查询同源基因，以及根据基因相关功能结构域批量下载相关基因的CDS，PEP等序列信息；

基因组下载

该网站需要注册登陆之后才能下载基因组数据：注册也非常简单，这里就不详细说明了：注册完账号登陆就可以：https://phytozome.jgi.doe.gov

登陆之后就可以去下载参考基因组，点击download：

点击之后进入所有物种的下载网站，如果想下载拟南芥的数据可直接勾选想要的信息，就可以下载了，使用起来也很方便：

查找功能的基因序列，并批量下载：

以拟南芥基因组为例，查找Nucleotide binding site,NBS结构域相关的基因，并批量下载其CDS等序列，以便用于做后续分析；如定量，设计引物，同源比对等等；

首先，回到首页，点击想要搜索的物种，和搜索的关键词：

得到很多关于NBS相关的基因，共有128个基因如下：

批量下载这些基因的序列：先勾选所有基因，注意有翻页，记得一起勾选上，再add一下：

然后就可以按下面的步骤下载想要的序列了，非常的方便：

当然了，如果想看其中一个感兴趣的基因具体的信息也非常的方便：只要点击GB 可视化方法就可以：

点击B显示的效果：

点击G显示的效果，具体序列直接可以得到：

关于该基因的序列，功能，基因外显子内含子，同源蛋白，表达量等信息应有尽有：

blast 比对查找同源序列

进入blast搜秀界面，输入序列，选择要查找的物种，可以是多个(ctrl+)物种，就可以跨物种搜索同源序列了：

搜索结果如下，也可以批量导出，便于后续分析，是不是功能很强大？

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