ncbi-genome-download批量下载基因组数据-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/hgz2020/article/details/133756324

本文详细介绍了如何使用ncbi-genome-download工具从NCBI批量下载基因组数据，包括根据属名、物种ID和拉丁名下载的方法，以及核查下载情况和处理未成功下载的文件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1. ncbi-genome-download 的下载和安装

ncbi-genome-download 是一个可以直接从NCBI上批量下载序列的软件，支持下载多种格式

利用 conda 对其直接安装参考

#创建环境
conda create -n ncbi_genome_download
#激活环境
conda activate ncbi_genome_download
# 安装
conda install -c bioconda ncbi-genome-download

2.常用的参数

-s：选择数据库（genbank，refseq），默认是refseq数据库
-F：需要下载基因组的格式，可以多种格式同时下载，用逗号隔开，默认是genbank格式
-l：序列组装程度，可以多种格式同时下载，用逗号隔开
-g：需要下载序列的属，后面要指定类群，比如bacteria
S：下载的具体的菌种名称，用逗号隔开，也可以写入一个文件中，一行一个菌种名称
-o：输出的文件名称
-r：失败时重新连接的次数，默认是0次
--flat-output：将下载的文件输入到一个目录中，不创建新的子文件（即下载的数据在指定的文件夹中，每个 Taxonomy ID 一个压缩文件）

参数详情：

(ncbi_genome_download) [hgzhong@head01 ~]$ ncbi-genome-download -h                                                               
usage: ncbi-genome-download [-h] [-s {refseq,genbank}] [-F FILE_FORMATS]                                                         
                            [-l ASSEMBLY_LEVELS] [-g GENERA] [--genus GENERA]                                                    
                            [--fuzzy-genus] [-S STRAINS] [-T SPECIES_TAXIDS]                                                     
                            [-t TAXIDS] [-A ASSEMBLY_ACCESSIONS]                                                                 
                            [--fuzzy-accessions] [-R REFSEQ_CATEGORIES]                                                          
                            [--refseq-category REFSEQ_CATEGORIES] [-o OUTPUT]                                                    
                            [--flat-output] [-H] [-P] [-u URI] [-p N] [-r N]                                                     
                            [-m METADATA_TABLE] [-n] [-N] [-v] [-d] [-V]                                                         
                            [-M TYPE_MATERIALS]                                                                                  
                            groups                                                                                               
                                                                                                                                 
positional arguments:                                                                                                            
  groups                The NCBI taxonomic groups to download (default: all).