linux 基因组数据下载,linux下用Aspera从NCBI上下载SRA格式宏基因组数据

最新推荐文章于 2024-04-08 09:57:30 发布

sherry初七-宝妈

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文章标签： linux 基因组数据下载

ascp -i /your-path-to/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list SRR_Download_List.txt

4、用SRA tools把SRA格式转换成fastq

命令：fastq-dump.2.3.5.2 -A SRR*.sra

5、OK，大功告成！

my test command：ascp -i /share/home/jialj/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list SRR_Download_List_file_list.txt

原文来自：http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/13570581120144935013905