linux 基因组数据下载,批量下载JGI（phytozome植物基因组数据库）数据

写在前面

今天课题组师妹与我提到，其要下载Phytozome上的所有数据。这个事情，我在早在几年前干过。不过前年有整了一次。整体简单，以下附上之前的记录。

2017年的记录

稍微整理了流程，方便批量下载JGI基因组数据。因为一个一个点，一个一个下载，太浪费时间且不稳定。调试了下，直接开80个下载任务，批量下载JGI目前已有的所有植物基因组序列(20170405)，共72个。

首先，在JGI上注册一个账号，

http://genome.jgi.doe.gov/

得到账号密码，如

账号：yourAccount

密码：youPassword

在linux上，使用curl登录并保存cookies(不知道cookies的，可以理解为登陆信息)

# 2017年的链接方式已经失效

# curl https://signon.jgi.doe.gov/signon/create --data-ascii login=yourAccount\&password=youPassword -b cookies -c cookies > /dev/null

# 目前有效的链接方式是

curl 'https://signon-old.jgi.doe.gov/signon/create' --data-urlencode 'login=yourAccount' --data-urlencode 'password