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鹿明
生物
蛋白、代谢组学服务专家
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本文为工具使用类文章;本文字数:2668个;图片:40张;预计阅读时间为:10-15min。请享用!
假设你从GenBank数据库中获得一个基因的完整序列,而老板问你这个基因的结构特征的时候,你有没有看着一堆序列,感觉无从下手?又或查完数据库上该基因的结构信息后用笔在纸上画着草稿?其实,你完全不用这样,因为有更好的工具解决这个问题!
对于生物信息学分析工作来说,处理最多的数据可能就是序列数据了。下面是生物学研究中常会用到的生物信息(序列)数据库:
数据库 |
备注 |
NCBI GenBank |
美国国家生物信息中心核酸序列数据库 |
NCBI RefSeq |
美国国家生物信息中心参考基因数据库 |
DDBJ |
日本DNA序列数据库 |
EMBL |
欧洲分子生物学实验室序列数据库 |
UCSC |
加州大学圣克鲁兹分校物种基因组数据库 |
Uniprot |
蛋白质数据库 |
InterPro |
蛋白功能分类和结构预测数据库 |
PFAM |
蛋白家族分类数据库 |
NONCODE |
非编码RNA数据库 |
今天给大家分享一款序列可视化操作神器SnapGene Viewer。它所属公司GSL Biotech LLC,Viewer是它的免费社区版本,而SnapGene是其升级版本(收费),当然SnapGene软件支持的功能更多。但是Viewer软件的可视化功能其实对于科研人员来说已经足够用了。可以说这是一款序列可视化处理的神器,易学、易用,非常适合科研工作者对序列的一些可视化处理工作,例如DNA序列引物设计、电子PCR、DNA和蛋白序列的区域注释、序列格式化排列和序列机器翻译等等操作。
本文主要包括两大部分:第一部分是使用Viewer软件进行DNA序列可视化操作;第二部分是使用Viewer软件进行蛋白质序列可视化操作。想必看到这里大家已经心里痒痒慌,莫急,下面给大家娓娓道来:
SnapGene 软件是被设计用来处理和可视化序列数据的,其方便和美观度是获得科研人员喜欢的主要原因。Viewer是免费入门版,我们先从基础讲起,后面会增加对SnapGene进阶版的使用方法。
SnapGeneViewer软件的开始页面如下(版本为5.1.5,支持中文):
Viewer软件主要包括三种方式打开序列文件:
第一种:直接复制序列,然后选择新建序列文件(DNA或者蛋白质),粘贴进去,给文件起个名字;
第二种:直接打开本地的FASTA序列文件;