gephi插件不可用_利用Gephi软件绘制网络图

作者：中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 博士

利用Gephi软件绘制网络图

1. 生成物种相关性矩阵

此步骤需要在R语言环境下运行，依赖psych包，输入文件为典型的OTU表或属水平丰度矩阵，示例如下。

输入文件FH_CK.txt文件格式， CK为空白对照的5个重复；FH为处理组的5个重复；G1-G148为丰度大于0.2%的属。

# 安装需要的包
install.packages("psych")

# 加载包
library(psych)

# 读取otu-sample矩阵，行为sample，列为otu
otu=read.table("FH_CK.txt", head=T, row.names=1)

# 计算OTU间两两相关系数矩阵
# 数据量小时可以用psych包corr.test求相关性矩阵，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数矫正
occor = corr.test(otu,use="pairwise",method="spearman",adjust="fdr",alpha=0.05)
occor.r = occor$r # 取相关性矩阵R值
occor.p = occor$p # 取相关性矩阵p值

# 确定物种间存在相互作用关系的阈值，将相关性R矩阵内不符合的数据转换为0
occor.r[occor.p>0.05|abs(occor.r)<0.6] = 0

# 将occor.r保存为csv文件
write.csv(occor.r,file="FH_CK_0.05_occor.csv")

2. Gephi生成点、边文件

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